藥師如來本願功德經序
藥師如來本願經者，致福消災之要法也；曼殊以慈悲之力請說尊號，如來以利物之心盛陳功業；十二大願彰因行之弘遠，七寶莊嚴顯果德之純淨；憶念稱名則眾苦咸脫，祈請供養則諸願皆滿；至於病士求救應死更生，王者攘災轉禍為福；信是消百怪之神符，除九橫之妙術矣。
昔宋孝武之世，鹿野寺沙門慧簡已曾譯出在世流行，但以梵宋不融、文辭雜糅，致令轉讀之輩多生疑惑。矩早學梵書恒披葉典，思遇此經驗其紕謬；開皇十七年初獲一本，猶恐脫誤未敢即翻，至大業十一年復得二本，更相讎比方為揩定，遂與三藏法師達磨笈多，并大隋翻經沙門法行明則、長順海馭等，於東都洛水南上林園翻經舘重譯此本。深鑑前非方懲後失，故一言出口必三覆乃書，傳度幽旨差無大過；其年十二月八日翻勘方了，仍為一卷。
所願此經深義人人共解，彼佛名號處處遍聞，十二夜叉念佛恩而護國，七千眷屬承經力以利民，帝祚遐永，群生安樂，式貽來世序云爾。
佛說藥師如來本願經
新翻藥師經，大業十二年十二月八日，沙門慧矩等六人，於東都洛水南上林園譯出。此本最定，諸讀誦者願莫更疑，得罪不輕。
佛說藥師如來本願經
隋天竺三藏達摩笈多譯