一、長科經意者，略作十段長科：一、明如來始成正覺。二、明舉果勸修。三、明以果成信。四、明入真實證。五、明發行修行。六、明智悲相入。七、明蘊修成德。八、明利生自在。九、明諸賢寄位。十、明令凡實證。
一、明始成正覺者，即世主妙嚴品是。
二、舉果勸修者，即現相品已下，至毗盧遮那品，總五品經是。及世主妙嚴品，舉佛所成之果，令使人修。
三、明以果成信者，即從佛名號品已下至賢首品六品經是，亦通取前世主妙嚴品已來總是，便以十箇智佛以為自心之果，以不動智佛為首，明自心智隨分別性無所動故。
四、入真實證者，從昇須彌山頂品已下六品經，是以十住為體，住佛智慧家故。
五、發行修行者，從夜摩天宮已下四品經，是以十行為體，行佛行故。
六、明智悲相入者，從昇兜率天宮品已下三品經，是以十迴向為體，體圓真俗，成大悲故。
七、明蘊修成德者，從他化自在天中十地一品是蘊，修前三法令慣習成就故。
八利生自在者，十定品已下，乃至普賢行品等十二品經，總是以十地中蘊德成功，十一地利生行滿，方名法行圓滿佛。
九、諸賢寄位者，即已上六位諸菩薩，并佛出現世間品亦是，皆從性海大智境界中方便出現。其身寄位，成十信、十住、十行、十迴向、十地，及等覺位十一地法門，令凡夫信入。
十、明令凡實證者，以法界性中安立十信等六位，進修方便，行不離用，不壞方便，其智彌高，其行彌下，逐根行滿，故名進修，隨力堪能安立諸位。
已上十段長科經意竟。如法界一品，總通前後四十品經，總法界故。以此法界一品，是一切諸佛及一切眾生之果也。若於根本法界門中起延促見，皆是自情妄見，於佛正法之中不成信種。當知是人設修行出三界果，未有成佛之種，即權教六通菩薩、聲聞、緣覺是也。如法華經：不退諸菩薩，亦復不能知。此明出生死之不退，未成處生死中不退。又亦但得以空觀折伏現行煩惱，入初地見道位，非是已達根本無明，得根本智見不退。如是三乘見道，總是三種意生身菩薩，皆非是法界根本大圓明智初發心住中能十方成佛等不退。三種意生身者，初、二、三地名三摩䟦提樂意生身，四、五、六地名覺法自性意生身，七、八、九、十地名種類俱生無行作意生身。如是三種意生身菩薩，並是法界大圓明智海大宅門外草室，權施方便安立，令諸子等且免火難。如此經下文：聲聞在會，如聾若盲。六通菩薩設聞此經，不能生信。設能於佛法生信，但隨情生信，迷自智境故，無自契實智起真信修故。若不迴心，畢竟不成佛。設復教化眾生，還能成得三乘及人天之種，但住一方之淨剎，無廣大法界量等虗空無邊智之大見。