第一目 修習五明學處
尊者善巧聲明因明，前文可見一斑。出家後，依其親教師住。親教師與一外道辯論，辯論未竟，親教忽病。尊者繼其事，外道墮負，問云：「此善巧者我初未聞，其德何似耶？」告曰：「非善巧者（謂俱達五明之善巧者），此人僅習聲明而已矣。」外道聞已，極為畏敬。次依親教師廣習五明。後住大菩提寺，修慈悲及菩提心。金剛座處，每年內外聚會，興大辯諍，隨其勝者，法改歸從。（寺院及人，悉改為勝者之所有，是其常規。）一次南方外道師，持十三傘（傘多者，多次勝相）謂尊者曰：「汝今是佛教之主，我是外教之主。我二人辯論，隨其勝者，改入其教，尊意云何？」尊者許諾，以國王等為證者。尊者未勞少力，即折外道師。傘供尊者頂禮出家，所有徒眾皆改為內。次歲又一持七傘之外道師，降伏如前。又一年有一持五傘極善聲因二明之外道師，邀尊者辯論，許之。午食畢，設辯場，內外分左右兩側，國王居中，無量有情悉來聚會。
初辯論時，一切善巧悉領解，次僅有三十餘人能領解，次僅二十，次十五，次十，次五；全極深細之時，唯彼二人而已。最後外師，恐難取勝，遂以聲明中一頌義見質，尊者未能即答，告云：「稍坐。」遂起入寺（辯時許便利等故，尊者亦現此方便相），於度母前供一壇供，殷誠祈禱。承度母加持力故，忽然了解，出而應釋。外師墮負，供傘出家與前無異（如是等事尚繁）。總之，尊者於二十一歲以內，內外二教之聲明因明，及六十四種藝術，觀察日光、鳥語、地界、珍寶、寶劍、馬、象、男、女等，悉得極善巧矣。
工巧明者，謂一切工藝美術，如製衣、畫像等。尊者能善通達龍猛菩薩所造之說因論等，及一切內教工巧諸論；又能通達大天響迦所造之摩訶羅等一切外教工巧諸論，並庶種事業邊際論、楞那迦婆羅門所造之世間軌論、桚那迦國王所造之桚那迦論等全部善巧。後尊者來西藏時，曾云：「西藏中無工巧論故，工巧度量決無一定。我天竺國有工巧論故，有決定量，無錯亂失。」
醫方明者，一切有情不可缺少之主要明論，為人、象、馬三，依此治方，有無量種。尊者善巧如來所說《醫童請問住醫方益他經》、《觸本經》、《命食經》，善得大師所造《善得藥論》，龍猛菩薩所造《四支論》，馬鳴《八支論》等，皆善通達。尊者亦自造醫明論，曰命藏。尊者臨赴藏時，念云：「藏地無藥。此醫方明，恐當隱沒！」時度母化為翠綠鸚鵡，至尊者前告曰：「汝勿憂，藥由我指示，請赴藏可也。」尊者至藏，度母示與山藥及平原藥等。尊者云：「印度之藥，藏地皆有之。較其藥之能力，藏藥猶強也。」
內明分大小二乘。小乘四部之見行等，近護阿羅漢所造之《毘婆沙藏論》，三百卷中總述（此論或即中國所譯之《大毘婆沙論》）。尊者在具飛聚落從法鎧論師聽學，餘人須十二年方訖，尊者以精進力故，七年學竟。（種敦仁波卿謂以獲得成就力故，悉是夢中所學，非實學也。七年亦是方便說耳。）其大眾部之三藏固不在言，即上座、正量、一切有部之三藏，亦善巧而無餘。下至十八部之受食法、淨水法、緣起法、戒體之得捨等，互相差別，悉皆明達毫髮而不紊。
大乘分顯密之別。顯又分三：初以四諦門趣入者，依據《三杖鬘》等經、馬鳴所造之經莊嚴等論、依婆沙見修菩提心，是從法鎧論師所傳也。二謂其餘一切經藏趣入大乘。三趣入大乘般若，此又分唯識與中觀。初唯識傳響底跋論師派，次為師子賢派，次傳中觀月稱派，及文殊所傳靜天論師派，慈尊傳無著派等，則依金洲法稱論師（又號護法）及明了杜梋論師所得也。
密教可分七部：（初）所作部，謂《蘇悉地經》、《妙臂問經》、《準提佛母經》、《文殊根本教王經》等，善達四千種。（二）行部，謂《毘盧如來現證菩提經》、《金剛手灌頂經》等，通了八千種。（三）分別部，謂《度母出生經》、《建立三種三昧耶王經》等，明了四千種。（四）二俱部，謂《幻網經》、《蓮花舞自在經》等，共六千種，皆能明達。（五）瑜伽部，謂《勝三世經》、《勝瑜伽經》、《金剛頂經》等，無量數種，一切通達。（六）大瑜伽部，謂《集密經》、《月密經》、《黑色閻曼德迦》、《調伏不空》、《智金剛集》等，略有一萬二千種，廣則無量。（七）無上瑜伽部，謂《等虛空》、《勝樂輪》、《大幻術金剛四座》等，一萬二千種，若廣分別，亦復無量。
尊者善巧如是經藏，非僅白日所能盡。故尊者前起慢心之時，曾於一夜夢中，至海密寺（或曰海護），從語自在稱論師，聽聞一億零四百五十五種密經，醒後未忘一字，其中專明究竟勝義者凡有六種。此為一例。尊者從種比跋受加持派之密傳，亦屬夢得，下文廣述。尊者云：「較小乘律藏，經藏為多；較彼二藏，大乘經多；較前三種，大乘論多；較彼一切，密乘所作部經多；較彼等，而瑜伽部多；較彼等，其母部為多；較比一切總集，而智慧部之經尤為甚多，人間僅存少分耳。」
尊者之慢心，為本尊及空行母摧伏已，後起是念：「人間所有者，我可為善巧之至也。」後至藏時，住桑耶寺（是蓮華生大師所造，紅教根本道場，在拉薩南）開一存藏庫藏，參閱梵本，前未見聞者甚富，曰此定係大師自天龍等處請來者也（意為非人間所有）。