六 現行種子的熏持
在前所說從辨證法的世界到色、心的剎那起滅，此皆謂之現行。現行即現起流行義，亦即現變實事。並曾辨別色、心諸法為實事，其他一切為假相。而現行或剎那起滅如色、心等，或一期生死如有情身等，其起滅生死皆不必連續。如眼等五識隨緣始現，第六意識亦缺緣不起，成唯識論云：『五識隨緣起，或俱或不俱；意識常現起，除生無想天』等。然現行雖不起，經時甚久，其後如再生起，每帶前曾經現行之影響。如曾起之識，能多少年後由憶念而重生。由此可知不現行時，亦潛藏保持其所遺習氣，可為後時生起之因，此即名為種子。如植物之荳、麥，一年一生，春生秋收。在冬季遺留荳、麥等種子，保持其各別發生之功能，俟至明春再為發生。又如動物於其子子孫孫有所遺傳，亦由種子功能。如一雞卵，生雞功能藏於卵中，未遇緣生雞時，破卵覓雞則不可得。故知色、心諸法各各有生起之功能潛藏保持之種子。
前就色、心法言現行有假實，故此種子亦有假實；即色、心法種為實種，而動、植種為假種。雖有假實，而種子一名乃依植物等種子比喻而立。以色、心等種子，但由各別生起其現行之功能名為種子；不同荳、麥等顯然各有其荳子、麥子為種。
復次、「現行種子的熏持」者，熏謂熏習，持謂持藏。動、植物等假法，在現行時亦成熏習；由所熏習遺留保持成為種姓，能生起同類法。然此現行同時亦攝持其種習，即是熏習攝持之義。如生物學家說：人類稟性特質，可由其父母遺傳於其子孫，如形貌、言音、病態、習性等。所遺傳，於每一次現行後，再現行時可生轉變。如雞卵因雞配合或飼養不同，即使所生雞成變種；又如植物之花木等，由人工等使原有之形質發生變異。由此義故，現行於種子能熏生、熏變。其熏生者，由現行生起向來所無之新種等；其熏變者，以現行熏習變劣變優等。
一切法之生滅變化，既因熏習成為種姓，傳流保持；故現行之一草一木，一鳥一獸，皆其來無始，其往無終，而各有其深長之歷史。若無現行種子熏變持續之關係者，則於過去無前因而將來亦無後果，如是則無歷史可言。從上述意義去觀察事事物物，則一一事物皆不是簡單的生存滅亡，而各有其因果果因、重重無盡的條理。
復次、剎那生滅的色、心諸實事，其現起是一剎那而生，其滅去亦一剎那而滅。即於剎那生滅相上，色法有長期相續如地球等者，亦有一起即滅若閃電者；心法亦或一剎那生滅即不續，或多剎那生滅相續。然色、心每一剎那現行，各由其過去種子為因，故有其深長之來源；復熏成種性以持遺於後後所續生之自類，故每剎那皆前無始而後無終。
如是色、心諸法熏習成種，不壞不失，乃由何法以為之保持耶？則其保持者必為一現行法，如荳等種姓，其保持者為一粒荳子。然此保持之現行法，又必為同時同處而能受熏習之法。此能受熏持種之現行法，古論師中傳有兩說：
一說：心、色諸法，能互相熏習以成種。謂心法不現行時，由現行色法持心法種相續不斷；後心法可繼起現行。如生無想天五百劫無心，因有色身持其心種，後從彼歿，心還生起。若色不現行時，由現行心持色種。如生無色天八萬大劫無色法，然有心法現行不斷以持色種，後從彼歿生下地時，色還繼前而得生起。此為經量部義，瑜伽論亦約攝其說。
二說：唯阿賴耶始能受色、心諸法熏習而保持其種子。其說極精密，如種子須具六義，能熏、所熏亦須各具四義。由種生現，由現熏種，亦由他法現行增上；由種生種，則唯自種生滅相續。廣如成立唯識諸論。
此從色心現種熏持說到受熏持種唯阿賴耶識義，遂達成立唯識論之深處。然前說唯剎那生滅諸色、心法是因緣生實事，餘為假相，已有唯識論之傾向。蓋色、心諸法或說為五蘊，亦或說為十二處、十八界；有言蘊實處、界是假，有言蘊、處假界是實，亦有言處實而蘊、界假者。就蘊言實，無情色蘊，有情五蘊，則情無情之業果即為實，可近於唯物論或二元論。言處實者，謂蘊為多法積聚之假名，六根、六境乃生長心、心所之依處，從根境交互關係上生心心所，體不自立，且意根即總攝一切心法，亦近於唯物論或二元論。言十八界為實，謂六識依六根緣六境，而根境不越能所知之識量。六境、六識皆依現量知有，六根依發六識比量知有，從能所知析為十八界單純事——除法界尚包含多法——，唯此是實因緣所生；皆不離能所知故，即已成立唯識論矣。