有一次，佛陀在毗耶离城的乐音树下，与三万六千位大菩萨、八万比丘共同集会，还有十二位神王及其眷属，以及天龙八部等诸位大神王。在这般盛大的法会中，佛陀宣讲完此法门后，所有与会大众听闻后无不心生欢喜，此法门名为结愿神咒。于是薄伽梵宣说神咒道：

礼敬世尊药师琉璃光如来应供正等觉。即说咒曰：药之药之，大药成就。愿得圆满。

如果有人受持这个真言，就能拔除身体中过去生死的一切重罪，不再经历三恶道，免离九种横死，超越种种苦难，在十方世界随处都能获得安乐，自在无碍。法门应当这样修持：

若有善男子、善女人等受持读诵这个真言，应当日夜精进修行，用香汤沐浴，穿着干净新衣，严持各种戒律。如法诵满真言十万遍后，在清净处如法整治场地，用净土铺平地面，以清净牛粪混合檀香涂抹圆形坛场，用各种珍宝装饰坛场。

坛中央安置一尊药师如来像，如来左手持药器（也称无价珠），右手结三界印，身着袈裟结跏趺坐，安放在莲花台上。台下安置十二神将和八万四千眷属首领。莲花台上如来威光中安住日光、月光二菩萨。坛场四周用五色装饰，近前安置两个净水瓶、海螺、瓦器等供具，随心供养侍奉佛像。

在像前持诵四十九天，或二十一天。画像坛四角放置宝瓶，这样昼夜七天内诵咒满百千万遍，所求心愿都能如意实现，获得无量果报。除非心不虔诚，法门修持都应如此。这法门所有利益说不尽，其余功德穷尽劫数也难以言说。

接下来讲解药师如来的根本手印。将左右手除拇指外的八指交叉反扣入掌心，两根拇指来回摆动。真言如下：

唵 护法神祇 吉祥圆满

接下来讲供养手印。双手掌心向上捧持供器，举至头顶。咒语如下：

南无三曼多佛陀南 揭揭吽 三摩三摩 娑婆诃

接下来是花座真言印，然后是涂香印的说明。双手合十，两根食指和两根大拇指指尖相触，如同弹指的动作。真言如下：

归命一切诸佛金刚身愿成就。

接着讲解花印的手势。双手合掌，两根小指微微分开。咒语如下：

礼敬一切如来莲花成就圆满真言

接下来讲述烧香印的修持方法。双手合十如山峰般弯曲。真言如下：

嗡。礼敬具威德者。礼敬曼达微沙耶智慧身。愿成就圆满。

接下来讲花座手印。两手背靠背相合，右手腕压在左手腕上。真言是：

嗡 护法神众 普皆圆满 护法之主 玛哈嘎拉 啊

接下来介绍普供养印。双手如金刚般合十。咒语如下：

南无三曼多佛陀南 唵 阿凡贺布洒摩尼 娑婆诃

接着念诵，随后进行发遣仪式，用禅定智慧的手指取花投向坛的中央。真言说：

南无三曼多佛陀南 阿揭车揭车 娑婆诃

这个法印咒语能够消除一切痛苦烦恼。如果有人罪业深重，或是妇女想要化解灾祸，应当依照教导制作一尊药师佛像，抄写一卷药师经，制作四十九盏灯幡，排列成七层车轮形状，安放在佛像前。用五彩丝线结成印结，系在那人身上。同时诵读四十九遍药师经，这样所有的罪业都能得到解脱，寿命得以延长，不会遭遇意外灾祸，获得平安康泰，连鬼神作祟的疾病也能痊愈。

要降伏恶人，结印以愤怒心念诵一百零八遍，远距离击打，一切外道都将破灭。

如果有人心脏有病，用加持过的青木香涂抹心口就能痊愈。

如果有人患肿胀发黄的病症，用加持过一百零八遍的郁金香涂抹就能痊愈。

如果有人想远离仇敌，就念诵苦练子咒一百零八遍，每念一遍咒语就烧一颗苦练子投入火中焚烧，那人就会立刻远去。

如果有人每天清晨，用一捧水念咒七遍后喝下，身上所有的恶报都能消除，更何况没有各种灾厄的人，以及各种身口意的痛苦也能痊愈，并且能够获得长寿。

念诵此咒后饮食，一切毒物皆不能伤害。

如果遇到恶人或仇敌，应当念诵这个咒语，所有心怀恶意的仇敌都会被降伏，恶意立刻消除，转而以慈悲心相待。身处恐怖境地时，应专注心意持诵此咒。

如果想睡觉时，念诵这个咒语一百零八遍，就能做好梦，知道吉凶祸福。

如果有人得了疟疾，持诵这个咒语的人看着患病的人，专心念诵这个咒语一千零八遍，病痛就会立刻消除痊愈。

延宝二年甲寅九月十四日，依据高山寺法鼓台藏本，在仁和寺抄写并完成初次校勘。野泽末资净严 时年三十六岁。

天明元年辛丑年五月，依据觉远僧正的原本抄写。慈忍 享和元年辛酉年号时，求得上述版本并译为日文。这部药师念诵轨仪，在元文年间已刻版印行，但原版残缺，仅缺一页，因此重新校订后再次刻印。 丰山长谷寓居沙门 快道记

校对增补完毕。享和癸亥年四月十日 慈顺