药师如来念诵仪轨一卷
大兴善寺三藏沙门大广智不空奉 诏译
佛一时在维耶离乐音树下，与大菩萨三万六千比丘八万人俱，及十二神王并诸眷属，天龙八部大神王。在如是等大众会中，说此法已，大众皆闻无不欢喜，是名即为结愿神呪。即薄伽梵说呪曰：
有一次，佛陀在毗耶离城的乐音树下，与三万六千位大菩萨、八万比丘共同集会，还有十二位神王及其眷属，以及天龙八部等诸位大神王。在这般盛大的法会中，佛陀宣讲完此法门后，所有与会大众听闻后无不心生欢喜，此法门名为结愿神咒。于是薄伽梵宣说神咒道：
「南谟薄伽筏帝鞞杀社窭噜蔽瑠璃钵喇婆喝啰阇耶怛他揭多怛姪他唵鞞杀逝鞞杀逝鞞杀社三没揭帝娑婆诃」
礼敬世尊药师琉璃光如来应供正等觉。即说咒曰：药之药之，大药成就。愿得圆满。
若有受持此真言，能拔身中过去生死一切重罪，不复经历三途，免离九横超越众苦，十方世界随处安乐，自在无碍法应如是。若善男子善女人等，受持读诵是真言者，日夜精勤香汤洗浴着新净衣，持诸禁戒如法，诵满真言十万遍已，就清净处如法治地，以净土筑令平，以净牛粪和檀香涂圆坛，以种种杂宝庄严坛。安中心一药师如来像，如来左手令执药器，亦名无价珠，右手令作结三界印，一着袈裟结跏趺坐，令安莲华台。台下十二神将，八万四千眷属上首令。又令须莲台如来威光中令住日光、月光二菩萨。如是坛四方周匝五色，近前安置二阏伽器、商佉、瓦器，随意受用奉献承事尊像。像前念诵四十九日间，若三七日，画像坛四角安置贤瓶，如是昼夜七日内，诵呪数满百千万遍，所求从心无量获果报。除不至心，法应如是。所有利益说不可尽，其余功能穷劫不可说。
如果有人受持这个真言，就能拔除身体中过去生死的一切重罪，不再经历三恶道，免离九种横死，超越种种苦难，在十方世界随处都能获得安乐，自在无碍。法门应当这样修持：
若有善男子、善女人等受持读诵这个真言，应当日夜精进修行，用香汤沐浴，穿着干净新衣，严持各种戒律。如法诵满真言十万遍后，在清净处如法整治场地，用净土铺平地面，以清净牛粪混合檀香涂抹圆形坛场，用各种珍宝装饰坛场。
坛中央安置一尊药师如来像，如来左手持药器（也称无价珠），右手结三界印，身着袈裟结跏趺坐，安放在莲花台上。台下安置十二神将和八万四千眷属首领。莲花台上如来威光中安住日光、月光二菩萨。坛场四周用五色装饰，近前安置两个净水瓶、海螺、瓦器等供具，随心供养侍奉佛像。
在像前持诵四十九天，或二十一天。画像坛四角放置宝瓶，这样昼夜七天内诵咒满百千万遍，所求心愿都能如意实现，获得无量果报。除非心不虔诚，法门修持都应如此。这法门所有利益说不尽，其余功德穷尽劫数也难以言说。
复次说药师如来根本印。以左右手头指以下八指，反叉入于掌，以二大指来去。呪曰：
接下来讲解药师如来的根本手印。将左右手除拇指外的八指交叉反扣入掌心，两根拇指来回摆动。真言如下：
「唵戰馱祇哩娑婆訶」(是名根本印)
[唵 戰馱 祇哩 娑婆訶] （这是护法金刚咒，大意是：祈请金刚力士降临护持。修持此咒可以获得威德加持、破除障碍、消除魔扰的功德）
次说阏伽印。以二手掌捧器顶戴。真言曰：
接下来讲供养手印。双手掌心向上捧持供器，举至头顶。咒语如下：
「南莫三曼多没驮南羯羯哞三摩三摩娑婆诃」
[南莫三曼多没驮南 羯羯哞 三摩三摩 娑婆诃] （这是消业除障咒，大意是：礼敬一切诸佛，愿以金刚不坏之力，令一切业障平等清净。修持此咒可以快速净除身口意三业障碍，消除修行路上的违缘，成就禅定智慧）
次花座真言印、次说涂香印。二手合掌，二头指、二大指端合如弹指。真言曰：
接下来是花座真言印，然后是涂香印的说明。双手合十，两根食指和两根大拇指指尖相触，如同弹指的动作。真言如下：
「南莫三曼多没驮南𪩘吐羯罗耶娑婆诃」
归命一切诸佛金刚身愿成就。
次说花印。二手合掌，二小开末。真言曰：
接着讲解花印的手势。双手合掌，两根小指微微分开。咒语如下：
「南莫三曼多没驮南没社华娑婆诃」
礼敬一切如来莲花成就圆满真言
次说烧香印。二手合掌山屈。真言曰：
接下来讲述烧香印的修持方法。双手合十如山峰般弯曲。真言如下：
「唵那谟仡罗仡罗曼拏微洒曳尸并宁娑婆诃」
嗡。礼敬具威德者。礼敬曼达微沙耶智慧身。愿成就圆满。
次说花座印。二手背合以右腕押左。真言曰：
接下来讲花座手印。两手背靠背相合，右手腕压在左手腕上。真言是：
「唵社皤罗娑蒲悉什皤罗末咤阿」
嗡 护法神众 普皆圆满 护法之主 玛哈嘎拉 啊
次说普供养印。二手金刚合掌。真言曰：
接下来介绍普供养印。双手如金刚般合十。咒语如下：
「南莫三曼多没驮南唵阿凡贺布洒摩尼娑婆诃」
南无三曼多佛陀南 唵 阿凡贺布洒摩尼 娑婆诃
次念诵、次说发遣，以禅智指取花投坛中方。真言曰：
接着念诵，随后进行发遣仪式，用禅定智慧的手指取花投向坛的中央。真言说：
「南莫三曼多没驮南阿蘖磋蘖磋娑婆诃」
[南莫三曼多沒馱南 阿蘖磋 蘖磋 娑婆訶] （这是灭罪除障咒，大意是：皈依一切诸佛，愿一切罪业彻底净除、彻底摧毁。修持此咒可以消除无始劫来的业障，破除烦恼缠缚，获得身心清净，成就修行道业）
是法印呪，能灭一切苦恼。若有人等，多诸罪障，及诸妇女，愿欲转祸，依教作药师像一躯，写药师经一卷，造幡四十九灯，作七层形如车轮，安置像前。五色作索，以印柱之。四十九结系彼人身，又转药师经四十九卷，所有罪障皆得解脱，寿命延长，不遇横苦，即得安稳，鬼神之病并即除愈。
这个法印咒语能够消除一切痛苦烦恼。如果有人罪业深重，或是妇女想要化解灾祸，应当依照教导制作一尊药师佛像，抄写一卷药师经，制作四十九盏灯幡，排列成七层车轮形状，安放在佛像前。用五彩丝线结成印结，系在那人身上。同时诵读四十九遍药师经，这样所有的罪业都能得到解脱，寿命得以延长，不会遭遇意外灾祸，获得平安康泰，连鬼神作祟的疾病也能痊愈。
若欲降伏恶人者，作印以嗔心诵一百八遍遥打，一切外道破灭。
要降伏恶人，结印以愤怒心念诵一百零八遍，远距离击打，一切外道都将破灭。
若人患心病者，加持青木香涂心除愈。
如果有人心脏有病，用加持过的青木香涂抹心口就能痊愈。
若人患头病者，加持桂皮二十遍，服之除愈。
如果有人患头痛病，将桂皮加持二十遍后服用，就能痊愈。
若人患肿黄者，加持欝金香一百八遍涂除愈。
如果有人患肿胀发黄的病症，用加持过一百零八遍的郁金香涂抹就能痊愈。
若人欲远去怨家，加持苦练子一百八遍，一呪一烧投火中烧，其人即远去。
如果有人想远离仇敌，就念诵苦练子咒一百零八遍，每念一遍咒语就烧一颗苦练子投入火中焚烧，那人就会立刻远去。
若患身体支节痛，呪汤水一百八遍，洗浴即得除愈。
如果身体四肢关节疼痛，对着汤水念咒一百零八遍，用来洗浴就能痊愈。
若人每日早朝，以水一掬呪七遍饮之，在身所有恶报悉得消灭，何况无诸灾厄者，及诸三业苦亦得除愈，并得寿命长远。
如果有人每天清晨，用一捧水念咒七遍后喝下，身上所有的恶报都能消除，更何况没有各种灾厄的人，以及各种身口意的痛苦也能痊愈，并且能够获得长寿。
若呪饮吃者，一切诸毒不能为损。
念诵此咒后饮食，一切毒物皆不能伤害。
若见恶人及有怨家，当须念诵此呪，所有怨家起恶心者当皆降伏，恶心即灭，慈心相向。有恐怖处，当须摄心念诵。
如果遇到恶人或仇敌，应当念诵这个咒语，所有心怀恶意的仇敌都会被降伏，恶意立刻消除，转而以慈悲心相待。身处恐怖境地时，应专注心意持诵此咒。
若欲卧时，当诵此呪一百八遍，即得好梦善知吉凶。
如果想睡觉时，念诵这个咒语一百零八遍，就能做好梦，知道吉凶祸福。
若人或患疟病，持此呪者视患疟人，切诵此呪一千八遍，其患即除愈。
如果有人得了疟疾，持诵这个咒语的人看着患病的人，专心念诵这个咒语一千零八遍，病痛就会立刻消除痊愈。
药师如来念诵仪轨一卷
保元三年二月二日酉时书了。恭赐大缘房法印御本书了，留赠后贤共期佛慧耳。求法沙门觉成
保元三年二月二日酉时写完。恭敬呈献大缘房法印御本书写完毕，留存赠予后世贤者，共期佛智。求法沙门觉成。
延宝二甲寅年九月十四日以高山寺法鼓台之本于仁和寺书写一校了。野泽末资净严 三十六岁。
延宝二年甲寅九月十四日，依据高山寺法鼓台藏本，在仁和寺抄写并完成初次校勘。野泽末资净严 时年三十六岁。
天明元年辛丑天润五月以觉远僧正本写之。慈忍 享和元年辛酉纪号，求上件本训国字。此药师念诵轨，元文年中既铸梓，然彼缺脱之本，唯一纸阙，是故更校正以寿梓矣。 丰山长谷寓居沙门 快道志
天明元年辛丑年五月，依据觉远僧正的原本抄写。慈忍 享和元年辛酉年号时，求得上述版本并译为日文。这部药师念诵轨仪，在元文年间已刻版印行，但原版残缺，仅缺一页，因此重新校订后再次刻印。 丰山长谷寓居沙门 快道记
一校加笔毕。享和癸亥四月十日 慈顺
校对增补完毕。享和癸亥年四月十日 慈顺