初序中有二：初偈颂为劝信序，余长行文为结戒序。所以就二为序者，《本业经》云：「入三宝海以信为本，住在佛家以戒为本。」信戒为入住之本，故就之为序也。又信为受戒之本，故先序信；戒是宗之所明，故次序戒。劝信序中有十一行半，分为二意：初五行颂序教主本末，后六行半赞戒法劝受。初中复二：初二行半序现身本末，后二行半显说教本末。序现身本末中，初二句显台中之本体，次二句显华上之应身，次一颂显树下之化形，次半颂覆结本末。问：此三重身于三身中当云何配？答：异说云云，今述一释。卢舍那者，义兼自他二受用身。所以知然？上卷云：「吾百阿僧祇劫中修行心地得成卢舍那」，故知通自受用。为千释迦所将微尘菩萨众说心地法，故知亦兼是他受用。此则对登地机所现身也。华上千释迦者，是净土中变化身也。所以知然？以华为器者，非秽土相故。又无性《摄论》云：变化身百俱，昵国各为主者，此是秽土中八相化身，即此所说百亿释迦。故知华上所现身者，非秽土中所现化身。又此偈中对新学云：「是卢舍那诵，我亦如是诵。」故知非是对地上秽，此则应是对彼三贤菩萨所现身也。次百亿释迦者，即是秽土四天下中为彼凡夫、二乘及初发心菩萨所现身也。有人解云：《十地经》说：二地菩萨于一念间入千世界，得见千佛。戒是二地之别行故，是故对彼二地菩萨现千佛身。二地菩萨正对千身之本卢舍那佛，其千释迦即一念间所现化身。或当如是，于理无爽。
开头这段序文分为两部分：最开始用诗偈写的那段，是为了劝大家生起信心，所以叫劝信序；后面用普通文章写的那段，是为了说明戒律的，所以叫结戒序。为什么要用这两部分来做序呢？《本业经》里说：“要进入佛法大海，信心是根本；要安住在佛陀的教法中，持戒是根本。”信心和持戒是进入和安住佛法的根本，所以就用它们来做序了。另外，信心又是接受戒律的基础，所以先讲信心；而戒律是这部经主要阐明的，所以接着讲戒律。劝信序这部分有十一行半，可以分为两层意思：前面五行诗偈，是介绍教主的根本和显现；后面六行半，是赞叹戒法并劝大家受持。前面介绍教主的部分又分两块：前两行半是讲佛陀显现身相的根本和末梢，后两行半是显明佛陀说法教化的根本和末梢。在讲显现身相的部分里，开头两句显示莲台中的本体，接着两句显示莲花上的应身，然后一颂显示菩提树下的化身，最后半颂总结根本与显现的关系。有人问：这里说的三重身，对应通常说的三身（法身、报身、化身），该怎么搭配呢？回答是：有不同的说法，这里陈述一种解释。“卢舍那”这个名号，从含义上兼有自受用身和他受用身两种。怎么知道呢？上卷经文说：“我在百阿僧祇劫中修行心地法门，得以成就卢舍那佛。”由此可知，它通于自受用身。同时，卢舍那佛为千释迦所带领的微尘数菩萨众说心地法门，由此可知，也兼有他受用身。这是针对登地菩萨的根机所显现的身。莲花上的千释迦，是净土中的变化身。怎么知道呢？因为以莲花为依处，这不是秽土（我们这个污浊世界）的景象。另外，无性菩萨的《摄大乘论释》里说：变化身有百俱胝那么多，在无数国土各自为教主。这指的是秽土中示现八相成道的化身，也就是这里所说的百亿释迦。由此可知，莲花上所显现的身，不是秽土中所现的化身。再者，这段偈颂中对新学菩萨说：“这是卢舍那佛所诵的，我也是这样诵。”所以知道这不是针对地上菩萨在秽土说的，这应该是针对三贤位（十住、十行、十回向）菩萨所显现的身。接着说的百亿释迦，就是秽土中在四大部洲里，为那些凡夫、声闻缘觉二乘以及初发心菩萨所显现的身。有人解释说：《十地经》里讲，二地菩萨能在一念之间进入一千个世界，见到一千尊佛。戒律是二地菩萨特别修持的，所以针对那些二地菩萨，显现千佛身。二地菩萨正对着千身之根本的卢舍那佛，而那千释迦就是在一念之间所显现的化身。或许是这样吧，在道理上是说得通的。
我今卢舍那，方坐莲华台。
我现在是卢舍那佛，正坐在莲花宝座上。
「我今卢舍那」者，此是谁言？即千释迦中一释迦言，指自本身，故云为「我」。时非曾当，正在「今」也。「方坐」者，犹正坐也。「莲华台」者，即莲华中莲实所附处也。其量周围千三千界，此是座量，非国土量。《华严》所说莲华藏世界者，即是所统之世界也。上有十二佛国土、七世界性，九方亦尔，是卢舍那常转法轮处。
“我现在是卢舍那佛”这句话，是谁说的呢？这是千位释迦牟尼佛中的一位说的，他指的是自己本身，所以说是“我”。这个“现在”不是过去也不是未来，就是正在说的这个当下。“方坐”就是正坐着的意思。“莲华台”指的是莲花中莲子附着的地方。它的范围有三千大千世界那么大，这是指座位的范围，不是国土的范围。《华严经》里说的莲华藏世界，就是卢舍那佛所统领的世界。上面有十二个佛国、七种世界类型，其他九个方向也是这样，这里是卢舍那佛经常讲说佛法的地方。
周匝千华上，复现千释迦。
在一千朵莲花上，又出现了一千位释迦牟尼佛。
「周匝千华上，复现千释迦」者，谓卢舍那所坐莲华台，以千叶华周匝围绕，其一一华量等百亿，于兹华上现千释迦。
莲花台周围有一千片花瓣，每一片花瓣上都显现出一尊释迦牟尼佛。
一华百亿国，一国一释迦，各坐菩提树，一时成佛道。
「一华百亿国，一国一释迦」者，谓千华中一一华叶各有百亿四洲国土。「亿」者，即是俱胝数也。百俱胝国为三千界，十百为千，十千为万，十万为落叉，十落叉为一度洛叉，十度洛叉为一俱胝。三千大千为百亿者，单千为小千，千小千为中千，中千即当一度洛叉，千中千为大千，大千即当百俱昵也。然新译者亿当洛叉，此是十万为亿数也。旧译论中亿当俱昵，此是千万为亿数也。若小乘说一三千界有一释迦，唯此四天下阎浮提中有金刚座实身成道，余天下中无金刚座非成道处，唯遣化身度可度耳。今大乘说三千界中有百亿国，百亿国中皆有道树及金刚座，百亿释迦各为主化。此国释迦言：我是本身，余皆我化。余国释迦皆如是言。然则就末论本，百亿皆互为本；就本论末，皆是舍那化也。
如是千百亿，卢舍那本身。
「如是千百亿」者，谓千个百亿，故云「千百亿」，非是双牒千及百亿，下「千百亿」皆如是释。「卢舍那本身」者，示其本也。上卷经云：「我已百阿僧祇劫修行心地，以之为因，初舍凡夫成等正觉，号为卢舍那，住莲华台藏世界海，其台周遍有千叶，一叶一世界为千世界，我化为千释迦，据千世界，复就一叶世界，复有百亿须弥山、百亿日月、百亿四天下、百亿南阎浮提、百亿菩萨释迦，坐百亿菩提树下，各说汝所闻菩提萨埵心地，其余九百九十九释迦，各各现百亿释迦，亦复如是。千华上佛是吾化身，千百亿释迦是千释迦化身，吾为本原，名为卢舍那佛。」
千百亿释迦，各接微尘众，俱来至我所，听我诵佛戒，甘露门则开。是时千百亿，还至本道场，各坐菩提树，诵我本师戒。十重四十八。
说教本末中，初五句显本身说，即千释迦为百亿释迦所将众说。次五句示末身说，即百亿释迦为时众说。「甘露门则开」者，涅槃之法一飡永存故云「甘露」，由戒能入故称为「门」，今说故则「开」也。「还至本道场」者，百亿国土各是当分化境，故名「本道场」。「本师戒」者，诸佛以戒为本师。
戒如明日月，亦如璎珞珠，微尘菩萨众，由是成正觉。是卢舍那诵，我亦如是诵，汝新学菩萨，顶戴受持戒。受持是戒已，转授诸菩萨，谛听我正诵，佛法中戒藏。波罗提木叉，大众心谛信，汝是当成佛，我是已成佛。常作如是信，戒品已具足，一切有心者，皆应摄佛戒。众生受佛戒，即入诸佛位，位同大觉已，真是诸佛子。大众皆恭敬，至心听我诵。
赞戒劝受中，初一行赞戒德，后五行半劝信受。赞中「如明日」者，喻律仪戒，能破暗恶犹日光故。「如明月」者，喻摄生戒，大悲摄物同月爱故。「如璎珞珠」者，喻摄善戒，庄严法身如宝珠故。「成正觉」者，由三种戒成三佛果，谓律仪戒成断德法身，摄善法戒成智德应身，摄众生戒成恩德化身。劝受中，初二颂一句就戒教劝诵持，后三颂一句就戒行劝摄受。初中复二：初一颂二句劝受持，次三句劝谛听。次戒行中复二：初二颂三句劝信摄，后二句劝敬听。「常作如是信，戒品已具足」者，谓心常作如上二信，即能堪任为受器，故云戒品已具足也。「一切有心者，皆应摄佛戒」者，谓一切众生有成佛信心，皆应摄受诸佛戒也。「即入诸佛位」者，依《占察经》佛位有四：「一者信满法故作佛，谓依种姓地决定信诸法不生不灭，清净平等无可愿求故。二者解满法故作佛，所谓依解行地深解法性，知如来业无造无作，于生死涅槃不起二想，心无所悕故。三者证满法故作佛，所谓依净心地以得无分别寂静法智及不思议自然之业，无求想故。四者一切功德行满足故作佛。所谓依究竟菩萨地，能除一切障，无明梦尽故。」今受菩萨戒者，必须具信，故得入初信满佛位者，言入佛位，恐谓已成佛，故云：「位同大觉已，真是诸佛子。」劝信序讫。
尔时释迦牟尼佛初坐菩提树下成无上正觉，初结菩萨波罗提木叉，孝顺父母、师僧、三宝，孝顺至道之法，孝名为戒，亦名制止。佛即口放无量光明。是时百万亿大众、诸菩萨、十八梵、六欲天子、十六大国王，合掌至心听佛诵一切诸佛大乘戒。
结戒序中有二：一、经家序；二、佛自序。经家序中有三：一、序结戒；二、序放光；三、序众集序。结戒中「初结菩萨婆罗提木叉」者，若声闻戒十二年后随事渐制，菩萨不尔，初在树下一时制。所以然者，声闻根劣，无事预制则讥谤，故随犯缘方渐制也。菩萨根胜，闻即随行无有厌讥，不待犯缘即顿制也。依《十地论》，成道初七日或自受法乐，思惟因缘故未起说，第二七后方兴言说。今言「初结」者，应是第二七日中也。「孝顺」已下略释所结戒之名义，略以二义释其戒名。「波罗提木叉」者，此云「别解脱戒」。《对法论》云：「为求解脱，别别防护所有律仪，故名别解脱律仪，由律仪能速出离生死苦故。」此则别防之戒，能得解脱之果，故从果称，名别解脱。又得戒时，别别解脱三业之缚，故云别解脱。此别解脱戒，若声闻所受，唯有制止义，能防非故；而无孝顺义，不求摄善及益生故。若大士戒，具兼两义：一、孝顺义，能摄善等故；二、制止义，能离恶法故。「孝顺父母」者，生育世形故；「孝顺师僧」者，长养法身故；「三宝」者，入道胜境故；「至道法」者，得果之本故。略举四处，明孝顺也。「即口放」下，明放光，将说戒法，现表瑞也。「是时百万亿大众」下，明集众也。
佛告诸菩萨言：我今半月半月自诵诸佛法戒，汝等一切发心菩萨亦诵，乃至十发趣、十长养、十金刚、十地诸菩萨亦诵。是故戒光从口出，有缘非无因故。光光非青黄赤白黑，非色非心，非有非无，非因果法，是诸佛之本原行，菩萨道之根本，是大众诸佛子之根本。是故大众诸佛子，应受持应读诵善学。佛子谛听！若受佛戒者，国王王子、百官宰相、比丘比丘尼、十八梵、六欲天子、庶民黄门、婬男婬女、奴婢八部、鬼神金刚神、畜生乃至变化人，但解法师语尽受得戒，皆名第一清净者。
佛自序中亦有三：一、告誦戒法，二、釋光因緣，三、勸受持等。初告誦中「半月自誦」者，雖果德圓滿而不忘因詮，雖一切時誦，為新學故言半月誦。「發心菩薩」者，謂十信也。「十發趣」者，謂十解，亦名十住，亦名習種姓。其十名者，謂捨、戒、忍、進、定、慧、願、護、喜、頂心也。此十種法初始發心趣入大乘，故云發趣。「十長養」者，即十行，亦名性種姓。其十名者，謂慈、悲、喜、捨、施、好語、益、因、定、慧心也。此十習已成性長養聖胎，故云長養。「十金剛」者，謂十迴向，亦名道種姓。方便行就不可爼壞，故云金剛。其十名者，謂信、念、迴向、達、圓直、不退、大乘、無想、慧、不壞心也。「十地」者，亦名聖種姓。十名，謂體性平等地、體性善慧地、體性光明地、體性爾炎地、體性慧照地、體性華光地、體性滿足地、體性佛吼地、體性華嚴地、體性入佛境界地。廣說行相如上卷經。「是故戒光」下，釋光因緣。「有緣非無因」者，謂外有時眾感法勝緣，內有如來大悲本因，方得現瑞表所說法故。「光光」者，所放光明有多重也。「非青黃赤白黑」者，以末即本故。「非五色非色心」者，非礙緣故。「非有無」者，非凡夫有、非二乘無。「非因果法」者，非苦集法也。「諸佛之本原行」者，成果之本也。「菩薩之根本」者，成因之本也。「大眾諸佛子根本」者，別舉時眾也。次勸受持等。「應受」者，從師初受也。「應持」者，受後護持也。「應誦」者，誦文句也。「善學」者，學義意也。「若受」已下廣釋受義，餘三存略，以初兼後故。「國王」等者，俗等貴族也。「比丘比丘尼」者，先受聲聞具足戒者，亦兼下三眾。「十八梵」者，色界天也。何者十八？一云：下三各三九，第四亦有九，謂無雲等、三無想、五淨居。無想既許初後有心，容有發心受菩薩戒。經說淨居下來受佛記，故知亦有發心受戒。有云：別有十八梵天，無想、五淨不入其數。如《本業經》列色天眾，謂梵天、梵眾天、梵輔天、大梵天(此四是初禪天)、水行天、水微天、水無量天、水音天(此四是二禪天)、約淨天、無想天、遍淨天、淨光明天(此四是三禪天)、守妙天、微妙天、極妙天、福果天、果勝天、大靜天(此六是四禪天)。「六天」者，欲界天。無色界者，若就顯教無受法義，故不說也。「庶民」者，無官位人。「黃門」者，五種半擇迦。「畜生乃至變化人」者，謂畜生中能變化者。「但解法師語盡受得戒」者，此所列中若能領解法師語，亦能發菩提心，皆得受戒也。又在家戒，如上所說解語皆受。若出家戒則不如是，唯人趣中若男若女無遮難者方許為受，義同聲聞出家受法。又應戒法皆得通受，文無簡故，但應遮其比丘等性。如半擇迦許受五戒，但應遮止近事男性。序文已訖。