大佛顶者，即心自性之理体也。随缘不变，融四科而惟是本真。不变随缘，妙七大而各周法界。喻氷水之始终，惟是湿性。譬太虗之群相，不拒发挥。十界一心，事造与理具，徧摄徧含。一境三谛，横辨与竖历，非并非别。依此成自行因果，故名如来密因，修证了义。即此为化他因果，故名诸菩萨万行首楞严。因果妙修，全归性具。化他力用，宁隔体宗。二本明而金沙立辨，二义决而华屋有门。圆通既陈，信方便之无非圣性。圆根既选，知耳门之独利此方。明诲殷勤，戒乘俱急。道场安立，显密互资。无渐次而立渐次，能历之正助圆彰。即位次而非位次，所历之转依如幻。精研七趣，秪因迷此大佛顶理，而妄受轮回，谁达空华无别体。详辨五魔，本求悟此大佛顶理，而中途成惑，那知妄想作根原。是诚一代时教之精髓，成佛作祖之秘要。无上圆顿之旨归，三根普被之方便。超权小之殊胜法门，摧魔外之实相正印也。所以一念示人，灭业障如翻大地。依教行道，成菩提如观掌果。智者大师，闻名遥礼，不惮其劳。般剌尊者，剖膊远传，不辞其苦。智旭生逢像季，获遘雄诠。自非大士神功，曷繇染指。特以文圆义妙，旨远趣深。注疏虽多，宗极未立。悲了义之尚隐，痛迷津之孰告。不辞固陋，聊殚隙明。徧采众长，折衷一理。研精竭思，再述玄文。不敢与前人苦较是非，但自向斯经深求脉络。愿我同仁，虗心着眼。必有知其同异浅深，违顺得失是矣。
《大佛顶经玄义》
“大佛顶”这个词，指的是我们心性本体的真实理体。它随着因缘变化而自身不变，融合了四科（五蕴、六入、十二处、十八界）现象，本质上只是这个本真。它自身不变却能随顺因缘，奇妙地展现为七大（地、水、火、风、空、见、识），每一大都能周遍整个法界。好比冰和水无论怎么变，湿润的本性始终一样；又像太虚空中显现的种种景象，并不妨碍虚空本身发挥它的作用。十法界（从佛到地狱）都源于这一心，事相上的造作与理性上的具足，都完全包含在其中。任何一个境界都具备三谛（空、假、中），从横向辨别与纵向经历来看，它们既不是完全分开，也不是完全混同。
依据这个道理来成就自我修行的因果，所以称之为“如来密因，修证了义”。就用这个道理来作为教化他人的因果，所以称之为“诸菩萨万行首楞严”。因果的奇妙修行，完全归于本性具足。教化众生的能力作用，哪里会和本体宗旨相隔离呢？两种根本（真本与妄本）明白了，就能立刻分辨出金沙（真金与沙砾）；两种要义（性定与修定）确定了，进入华美屋宅就有了门路。
圆通法门既然已经陈述，就能相信一切方便法门无不是圣者本性的流露。圆通根本既然已经选定，就知道耳根法门特别适合我们这个世界。明确的教诲恳切周到，戒律与教法都同样要紧。道场的建立安排，显教与密教互相资助。没有固定的渐次而设立了渐次，能够经历的正是助缘圆满彰显。就在当下位次而又超越位次，所经历的转染依净如同幻化。
精细探究七趣（地狱、饿鬼、畜生、人、天、阿修罗、仙），只是因为迷失了这个大佛顶的真理，而虚妄地承受轮回，谁能透彻了知空中的花本来没有别的实体？详细辨别五种魔境，本来是为了觉悟这个大佛顶的真理，却在半路上产生迷惑，哪里知道妄想正是其根源。
这确实是一部佛教教法中的精髓，是成佛作祖的秘密关键。是无上圆顿法门的宗旨归宿，是上中下三种根器都能普遍受益的方便。是超越权教与小乘的殊胜法门，是摧伏外道邪魔的实相正印。所以，一念之间将此示人，能消灭业障如同翻转大地。依照此经教导修行，成就觉悟如同观看掌中果实。
智者大师听闻此经之名，便遥遥礼拜，不辞辛劳。般剌密谛尊者剖开臂膀藏经，远道传来，不惧其苦。智旭我生在像法时代的末期，有幸获得这部雄伟的经论。如果不是大菩萨的神通功力，我怎能有机会稍稍涉猎。正因为其文辞圆融、义理玄妙，宗旨深远、意趣深邃。以往的注释疏解虽然很多，但究竟的宗旨却未能完全确立。悲叹了义经旨仍然隐晦，痛心迷茫众生谁来指引。我不顾自己的浅陋，姑且竭尽我缝隙般的微光。广泛采纳各家的长处，折衷融合于一个真理。精心研究，竭尽思虑，再次阐述玄妙的义理。不敢与前辈先贤苦苦
时崇祯己卯春三月二十有七日下笔，故序。
崇祯己卯年春天三月二十七日动笔，因此写下这篇序言。