本论之组织
「入中论」之组织，依于「华严经．十地品」。龙树菩萨着有「十住毗婆沙论」以释经，此土所译，只有前二地之文。空宗著述，多释般若深见，释般若广行甚少。龙树菩萨所造，只有「集经论」、「法界赞」、「宝鬘论」，指示修行次第，不但谈空。本论于空宗正见，及修行次第，甚深广大二种教门，均有解释。自初地乃至佛地，依次排列。每一地中，叙菩萨修行成就之功德已，复配以初发心修行法，指学者以修行次第。二空之理，则在般若度中广释。云何学「中论」？学般若者，应具清净信心，则虽闻四句一偈，亦有无量功德，故应先培信心。生信之法，常观三界轮回，流转不息，无纤毫之乐，可以贪着。次观众生，若知求出离，发菩提心，修菩萨行，无上佛果，亦终有成就之一日。若醉生梦死，作生死业，则一期报尽，随业受生，或往人天，或堕恶趣，自无主宰。应及此未至临命终时，自有智慧、能力、自在，将此生死大事，作一解决。勿待临时，手忙足乱，一堕三涂，欲求正法，不可得矣。次当思惟有暇圆满人身难得，佛法难闻。五浊恶世闻大乘法，尤为希有。「般若经」云：学般若者，从生至生，受用无尽。生生得生有大般若之处，得遇善知识为说般若法门，具足一切学般若之增上缘，自然喜近善士，乐闻正法，乐修菩萨行。故今闻此法者应生希有心，常观三业是否顺因果、如佛法，修五戒十善，则不失人天福报，至少获得临命终时，无有忧悔。更上者，以此功德，回向往生极乐、兜率，则为净土胜因。再上者，生生常值佛法，为大菩萨之所摄受，最后必蒙佛授记，成佛度生。最上者，若有大福德一切圆满，依金刚乘，即身成佛，是又殊胜中之殊胜者矣。然末世福德圆满之根器难得，则以出离心菩提心，如法修行甚深慧广大行，生生常为大菩萨所摄受，乃至究竟成佛，是听「入中论」者应有之宗趣也。若以如是心学「中论」，则宗喀巴大师、月称论师之功德，亦许后人修成也。
《入中论》的结构，是依据《华严经·十地品》而建立的。龙树菩萨曾著有《十住毗婆沙论》来解释这部经，但在汉地翻译的只有前两地的内容。空宗的著作大多解释般若的深奥见解，而解释般若广大行持的却很少。龙树菩萨所造的《集经论》《法界赞》《宝鬘论》，指示了修行次第，并不只是谈论空性。本论对于空宗的正见以及修行次第，无论是甚深还是广大的教法，都有解释。从初地一直到佛地，依次排列。在每一地中，叙述菩萨修行成就的功德之后，又配合初发心的修行方法，为学人指出修行次第。人空与法空的道理，则在般若度中详细解释。
该如何学习《中论》？学习般若的人，应当具备清净的信心，这样即使只听到四句偈颂，也会获得无量功德，所以应当先培养信心。生起信心的方法，是常常观察三界轮回，流转不息，没有丝毫真正的快乐可以贪着。其次要观察众生，如果知道寻求出离，发起觉悟的心，修习菩萨行，那么无上佛果终有成就的一天。如果醉生梦死，造作生死的业，那么这一期生命结束，就会随业力受生，或升人天，或堕恶趣，自己完全做不了主。应当趁现在还没有到临命终时，自己还有智慧、能力、自在，将这个生死大事作一个解决。不要等到临终时手忙脚乱，一旦堕入三恶道，再想求得正法就不可能了。
其次应当思维，具备闲暇圆满的人身极为难得，佛法难以听闻。在五浊恶世能够听到大乘法，更是稀有难得。《般若经》中说：学习般若的人，从这一生到下一生，受用无穷。生生世世都能投生到有广大般若的地方，遇到善知识为他们讲说般若法门，具足一切学习般若的增上缘，自然喜欢亲近善士，乐于听闻正法，乐于修习菩萨行。所以现在听到这个法的人应当生起稀有难得的心，常常观察自己的身口意三业是否随顺因果、符合佛法，修持五戒十善，这样就不会失去人天福报，至少能在临终时没有忧虑悔恨。更进一步，以此功德回向往生极乐世界或兜率天，就成为往生净土的殊胜因缘。再进一步，生生世世常能遇到佛法，被大菩萨所摄受，最后必定蒙佛授记，成佛度化众生。最上等的，如果具有大福德、一切圆满，依止金刚乘，即身成佛，这又是殊胜中的殊胜了。
然而末法时代福德圆满的根器难以得到，那就以出离心和觉悟的心，如法修行甚深智慧与广大行持，生生世世常被大菩萨所摄受，直至究竟成佛，这是听受《入中论》的人应有的宗旨和方向。如果以这样的心来学习《中论》，那么宗喀巴大师、月称论师的功德，后人也是可以修成的。