- 歸元直指集上卷總目
- 念佛正信往生文 一
- 尊崇三寶教法篇 二
- 孝養父母報恩文 三
- 行脚求師開示序 四
- 開示參禪龜鏡文 五
- 禪宗淨土難易說 六
- 辨明邪正決疑文 七
- 勸發真正大願決定往生說 八
- 慈照宗主示念佛人發願偈并序 九
- 天台智者大師勸人專修淨土 十
- 永明壽禪師戒無證悟人勿輕淨土 十一
- 長蘆磧禪師勸參禪人兼修淨土 十二
- 龍舒王居士勸人徑修淨土 十三
- 丞相鄭清之勸修淨土文 十四
- 辨明六祖大師西方淨土 十五
- 諸祖指歸淨土文 十六
- 諸經指歸淨土文 十七
- 阿彌陀佛因地事理說 十八
- 龍舒口業勸戒文 十九
- 辨明三教大理贊翊治化論 二十
- 毒峯善禪師三教一理述 二一
- 姚少師佛法不可滅論 二二
- 靜齋學士三教平心論 劉謐述 二三
- 黃門侍郎歸心辨惑篇 顏之推撰 二四
- 三教真如本性說 二五
- 東坡學士飲食說 二六
- 優曇祖師戒殺文 二七
- 佛印禪師戒殺文 二八
- 真歇禪師戒殺文 二九
- 普菴祖師戒殺文 三十
- 身為苦本覺悟早修 三一
- 三大聖人決疑文 出藏經 三二
- 萬宗禪師直指篇 三三
- 龍華三會略要說 出藏經 三四
- 宗鏡要語 三五
- 禮佛發願文 三六
- 淨土成佛 三七
- 歸元直指集下卷總目
- 辨明異端 三八
- 辨明楊墨 三九
- 辨明虗無寂滅 四十
- 辨明鬼神情狀 四一
- 辨明天誅雷擊 四二
- 君臣名儒學佛 四三
- 儒宗參究禪宗 四四
- 學佛謗佛 四五
- 從人謗佛 附己見謗佛 四六
- 破不信因果 四七
- 破不信地獄 四八
- 地獄輪迴異類說 出儒典 四九
- 辨明升降託胎 五十
- 辨明梁武定業 丞相張商英解 五一
- 辨明東西界域 五二
- 辨明三教經典 五三
- 辨明三教至道 五四
- 辨明三教優劣勸修淨土論 五五
- 辨明三教聖人前後降生頌 五六
- 辨明精氣神 五七
- 離相顯性往生淨土說 五八
- 身雖出家不求淨土說 五九
- 裴相國身心虗偽說 六十
- 龍舒居士婬殺說 六一
- 理事圓頓說 六二
- 為君子說 六三
- 情說 六四
- 小因果說 六五
- 二天人說 六六
- 勸修備說 六七
- 寄庫功德說 六八
- 過現未來三大劫說 六九
- 尸迦羅越六方禮經 七十
- 永明壽禪師警世文 七一
- 圓修淨土決疑論 出藏經 七二
- 天地神明戒殺文 七三
- 事親大孝戒殺文 七四
- 待客解嘲戒殺文 七五
- 分產解冤戒殺文 七六
- 慶生報本戒殺文 七七
- 許願保安戒殺文 七八
- 救患諂祭戒殺文 七九
- 利益亡人戒殺文 八十
- 預修超薦戒殺文 八一
- 慈心不殺放生文 八二
- 普勸戒殺決疑文 八三
- 太上東嶽垂訓文 八四
- 紫虗元君戒論文 八五
- 康節先生勸善文 八六
- 無際大師心藥方 八七
- 勸行忍辱撮要 八八
- 勸人敬惜字紙 八九
- 勸修西方淨土 九十
- 普勸修持淨土 九一
- 預辦淨土資粮 九二
- 臨終正念往生 九三
- 臨終三疑 九四
- 臨終四關 九五
- 淨業疏式 九六
- 行願流通 九七
歸元直指目錄(終)(上下)卷末附(西方山居)詩百首No. 1156