大开元万寿禅寺，旧在郡城西清门外；后城增广，则寺当城内之西区也。唐垂拱二年乙酉二月，州民黄守恭，昼梦一僧乞其地为寺，恭曰：「须树产白莲乃可。」僧喜谢，忽失所在。越二日，桑树果产白莲。有司以瑞闻，乞置道场，制曰：「可」。仍赐「莲花」名，请僧匡护主之。长寿壬辰，升为兴教寺。神龙乙巳，改额龙兴。玄宗二十六年，诏天下诸州各建一寺，以纪年为名。有司复以应命，改额开元。历五代十国而至宋，旁创支院一百廿区，支离而不相属。至元乙酉，僧录刘鉴义白于福建行省平章伯颜，奏请合支院为一寺，赐额大开元万寿禅寺。明年延僧玅恩住持，为第一世。禅风远播，衲子竞集。复得契祖继之，垂四十年，食常万指。当元之季，饥馑洊臻，盗贼并起，寺因之不振。至洪武三十年，寺僧临难罄殒，有司以闻。次年，高祖皇帝命僧正映来住持。映至，修举废坠。不数载，寺为之中兴。然才一再传，而禅风不竞矣。至成弘间，遂复云散四方，丛林规制，日就陵夷。至隆万之际，老成凋谢，而佛宇僧舍强半民居。甚至戒坛为火药匠所据，浸及法堂，亦颇画而有之，垂三十年。至万历甲午，赖檀越宪副黄公文炳，力白当道，尽驱诸匠，始获青氊旧物，然亦仅存十一于千百之间而已。
大開元萬壽禪寺，原在泉州城西清門外；後來城區擴大，寺院便位於城內西區。唐代垂拱二年（公元686年）二月，本地居民黃守恭白天夢見一位僧人向他請求這塊地建寺，黃守恭說：「除非園中桑樹開出白蓮花才行。」僧人高興道謝後，忽然不見蹤影。過了兩天，桑樹竟然結出了白蓮花。地方官員將此祥瑞上報朝廷，請求在此設立道場，皇帝下詔批准，並賜名「蓮花寺」，請僧人匡護主持寺務。
長壽年間（公元692年），升格為興教寺。神龍元年（公元705年），改稱龍興寺。唐玄宗開元二十六年（公元738年），朝廷詔令天下各州建造一座以年號為名的寺院。地方官員再次遵命辦理，將寺名改為開元寺。
經過五代十國到宋代，寺院周圍陸續增建了一百二十座分院，分散各處不相統屬。直到元朝至元二十二年（公元1285年），僧錄劉鑑義向福建行省平章伯顏稟報，奏請將所有分院合併為一座大寺，獲賜匾額「大開元萬壽禪寺」。次年，迎請僧人玅恩擔任住持，為第一世。禪風遠揚，各地僧眾紛紛前來。之後由契祖繼承法席，近四十年間，寺中常供養上千僧眾。
到了元朝末年，災荒連年，盜賊四起，寺院因此衰落。明洪武三十年（公元1397年），寺中僧人遭遇危難全部離世，官府將情況上報。次年，明太祖朱元璋命令僧人正映前來住持。正映到任後，大力修復荒廢的殿宇，不出幾年，寺院再度中興。然而只傳了一兩代，禪風又逐漸不振。到成化、弘治年間，僧眾再度四散，叢林規制日益衰微。至隆慶、萬曆之際，老一輩僧人相繼離世，佛殿僧舍大半被居民佔用。甚至戒壇被火藥工匠佔據，逐漸連法堂也有大半被劃分佔用，長達三十年。
直到萬曆二十二年（公元1594年），幸得護法信士、按察副使黃文炳先生極力向官府陳情，驅逐所有工匠，寺院才重歸僧團管理，然而此時僅剩下原先規模的十分之一了。