紫云大殿，唐垂拱二年，僧匡护建。时有紫云盖地之瑞，因以得名。玄宗改额开元，仍赐佛像，后毁。干寜四年，检校工部尚书王审邽重建，塑四佛像。中尊是先有御赐像，有僧朝悟持辟支佛舍利，来纳塑像中。宋绍圣二年，僧法殊新之，移千佛像于其中。绍兴二十五年乙亥灾，寻建。元僧契祖命僧伯福甃殿前大庭石。至正丁酉复灾。洪武己巳僧惠远重建。永乐戊子，僧至昌复葺廊庑，增廓露台。庭前左右各濬小池，仍造小浮屠数座翼之。万历二十二年，檀越率寺众同修。崇祯丁丑，大𠫵曾公樱、总兵郑公芝龙重建。殿柱悉易以石，壮丽视昔有加矣。効其力者僧广轮。
紫云大殿，是唐代垂拱二年，由匡护法师建造的。当时有紫色祥云笼罩地面的吉兆，因此得名。唐玄宗改匾额为开元，并赐予佛像，后来大殿毁坏。乾宁四年，检校工部尚书王审邽重建大殿，塑造了四尊佛像。中间的主尊像是先前皇帝赏赐的佛像，有一位名叫朝悟的僧人，带着辟支佛的舍利子，来安放进塑像之中。宋代绍圣二年，法殊法师翻新大殿，将千尊佛像移入殿内。绍兴二十五年乙亥年遭遇火灾，不久后重建。元代契祖法师指派伯福法师铺砌殿前大庭的石板。至正丁酉年再次遭灾。明代洪武己巳年，惠远法师重建。永乐戊子年，至昌法师又修缮了廊屋，扩建了露台。庭院前方左右各挖了一个小水池，并建造了几座小佛塔像翅膀一样护卫两侧。万历二十二年，施主们率领寺院僧众一同修缮。崇祯丁丑年，大参曾樱公、总兵郑芝龙公重建大殿。殿柱全部更换为石柱，壮观华丽比起以往更有增加。出力操办此事的是广轮法师。