下第二卷
問曰：顯理中示寂滅一心已歸究竟，然目如來藏并上一心總為顯理，且大慧又目外衟我見為問，似與一心之旨不同，何以總為一科？
答曰：此有深旨。目經初夜叉王問佛：云何應捨有無？佛既答已，隨即示云：寂滅者名為一心，一心者名如來藏。此則總標一經宗本，要顯寂滅一心不屬迷悟究竟不生。然所目有聖凡生起者，皆如來藏隨染淨緣轉變為生因耳。然前百八義，一切皆非目顯一心寂滅無生之旨矣。次大慧隨問諸識有幾種生住滅，雖問識之生滅，然尚未審識生之因，且于一心究竟處建立。誹謗章中云：非有因建立因，直說初識前無因。如此一心，豈不墮于畢竟斷滅耶？故此大慧隨問如來藏者，目前雖明一心之旨，尚未明如來藏之義。方今將顯如來藏隨緣為染淨生法之因，要明識藏即如來藏。故後文如來藏為善不善因，目如來藏即前三種識中之真識也。目此經不說無明為因生八識，直指如來藏即藏識，要顯妄即是真實，斯經之宗本也，不同諸教。然大慧疑世尊說如來藏同外道我者，正是佛說阿陀那識甚微細，習氣種子成瀑流，我于凡愚不開演，恐彼分別執為我。目外衟向執藏識為神我，故今將目如來藏真我目破彼計，是則外衟計有無二見，則前目寂滅一心破之矣。向執我見未亡，故特目如來藏真我破之，目盡破彼計，圓滿一心。故總科為顯理究竟，義旨深潛，誠非麤浮可見也。細尋佛意，微玅難知，總示正行章破本無四句可離，頌中如是觀三有，究竟得解脫未？後結云：為淨煩惱爾，𦦨二種障故，譬如商主次第建立百八句無所有。足證前百八句乃依三界作四句妄計而立，然無所有則皆非也。
問曰：當轉二性教中，一向說轉生死為涅槃、轉煩惱成菩提。此中但說轉二自性者，何耶？
答曰：此經不同三乘別教，直指一心，不屬迷悟。目生死涅槃，本來平等，更無可轉。但以外道不了言說性空，妄計言說有實自性，起種種徧計。二乘不了諸法緣生無性，妄執諸法有實自性。以此二種，障正知見。意謂若了言說性空，則徧計情亡。若了緣生無性，則依他泯性。二計既亡，則圓成自顯。所目但轉二自性計著也。後廣辯四行禪，葢依此而立也。
略示邪因果相章末，示感應二徵結。示果相至究竟地得灌頂位二加持者，此正示目真因所得之果，如此方為真修也。
問曰：四種禪皆依惑亂為所觀者，何耶？
答曰：目前云惑亂，起聖種性及愚夫種性，故愚夫乃外道二乘，其禪皆惑亂也。觀察禪二種目：能觀正智觀，所觀惑亂目。對待未泯，故為漸次。其攀緣如禪，然攀緣即惑亂也，乃名相妄想耳。觀名相妄想本如，故名攀緣如禪。此二種禪，目分頓漸，名三乘禪。故觀察禪果相，則從解行入初地，漸次上進。其攀緣如禪，則頓登八地，此頓漸之分也。然觀察義禪，能觀者正智，所觀者妄想名相，故真妄雙舉。此乃對待而觀，故要離四句目。外道妄執四大名相，以妄想分別作四句見耳。其攀緣如禪，則直觀五陰本自如如，絕諸對待，故為頓悟。于中主意，專破外道計四大，造五陰，目神我為主諦。若觀四大本空，五陰無我，即此五陰本自如如矣。
問曰：示正果中說妄想識滅名為涅槃，不說轉藏識單說滅六識者，何也？
答曰：此經宗旨，說識藏即如來藏，不必更轉。其藏性寂滅之體，所目不得顯現者，但因妄想攀名相之過也。目藏體本是湛淵之心，猶如湛海。雖云前七波浪，其實只因六識攀緣外境界風，鼓動波浪。即七識亦因六識所起之波浪，其體同是八識精明，故本不生。是故三性之中，依他元自無性，其過在徧計執性耳。然妄想乃徧計執性，正是六識攀緣種種如幻依他境界，增長習氣，長養藏識。故今特辨妄想過重，故六識滅則內外心境一切皆寂滅，如來藏性應念現前，所以特說六識滅為涅槃也。此經宗趣與相宗逈不相同，故不立七識所目。世尊隨節說妄想分別通相，以顯即妄即真，為如來最上一乘禪也。
經旨來意，從二卷初示正行科中，四方便為能觀之智，二種自性指所破之惑，無四句可離，無聖智可得，乃所顯圓成之理，及離過絕非。一科四節立定，自後略示邪正因果，及廣辨邪正因果，總是廣釋卷初四節之義。其觀察義，禪觀察覺，即前能觀之智，妄想攝受計著覺，即釋前所破之惑，攀緣如禪，即顯前圓成之理，末後如來最上一乘禪，即釋前離過絕非。細觀經旨，前後名應，其理昭然。