第三個時期——金元
金代刻造石經開始於天會十年（西元一一三二年）當時涿州知州張玄徵刻的《佛印三昧經》（「景」字號）等，距遼保大元年（西元一一二一年）最後所刻的《虛空藏菩薩求聞持法》（同「景」字號）等僅十一年。前述玄英等天眷三年（西元一一四〇年）刻《總經題字號目錄》的二十七帙石經中，其中「覆」字以下十三帙，至「景」字的前一部分所收石經，均為遼刻，「景」字的後一部份及自「行」至「八」後十四帙，乃是金天會十年（西元一一三二年）至天眷三年（西元一一四〇年）涿州知州張玄徵、劉慶餘和奉聖州（今河北涿鹿）保寧寺僧玄英及其弟子史君慶等募刻的。可見金代的刻經是繼續遼代的經帙而進行的。其間，於天會十四年（西元一一三六年），有燕京圓福寺沙門見嵩「因游東峰，見大岩室，遂發心續造石經一帙，名《大教王經》」（「府」帙，見同經卷十題記）。
金天眷三年（西元一一四〇年）以後，自皇統元年至九年（西元一一四一～一一四九年）間，劉慶餘、玄英及史君慶等還續刻了自「刻」字至「多」字，共三十九帙。其中「刻」至「惠」三十帙是「宋朝新譯經」，它和《高麗藏》入藏的自「杜」至「轂」三十帙的經目正同。這是研究宋開寶藏印行後，天息災、法天、施護等所翻譯的密教經典，以及把「宋朝新譯經」與《高麗藏》、《契丹藏》入藏內容作比較的很有價值的材料。同時，這些石經多有序文和題記，也是研究唐末至遼代佛教的重要史料。
皇統九年（西元一一四九年）以後，歷正隆、大定至明昌之初，約五十年間，有劉丞相夫人韓氏、張守仁、皇伯漢王等，曾刻了自「履」至「息」及「取」、「定」等共二十帙（其中「淵」、「澄」二帙係《別部阿含》，未見）。這些石經主要是：《阿含經》。此外，遼譯《金剛摧碎陀羅尼經》和遼代新撰之《一切佛菩薩名號集》等也是金代所刻的。金代所刻石經除見嵩刻的《大教王經》藏於第三洞外，其餘的經碑，都繼續埋在壓經塔下地穴內。
金末兵亂以後，房山石經事業又告停頓。元順帝時，石經山已非常荒涼。至正元年（西元一三四一年），高麗僧慧月等從五臺山來游石經山，見華嚴堂（雷音洞）石扉毀廢，經本殘缺。他讀了洞門外貞觀二年（西元六二八年）靜琬自述刻經因緣的石刻，很受感動，遂募化修理了洞門和五個經碑而去。賈志道為撰《重修華嚴堂經本記》詳記其始末，這是元代關於房山石經的唯一記載。由上可見，元代房山雲居寺石經事業完全陷於停頓狀態。