第四個時期——明
明代初期洪武年間，明太祖朱元璋曾派名僧道衍（姚廣孝），前往石經山視察。姚廣孝于洪武二十一年（西元一三八八年）到達房山石經山。他看了那裡的情況，驚嘆靜琬以來歷代刻造石經事業之宏大，當時寫了一首五言古詩，「鐫於華嚴堂之壁」。之後，洪武二十六年（西元一三九三年），朝廷曾撥款修理過雲居寺和石經山一次。又，據《釋氏稽古略續集》卷三載：「永樂十八年三月，旨刻大藏經板二副，南京一藏，六行十七字；北京一藏，五行十五字。又旨石刻一藏，安置大石洞。向後木的壞了，有石的在。」但明代官刻石藏後來似未實現。所以明初雖然對房山雲居寺和石經進行了考察、保護和修理，但並未見續造的石經。
明中期宣德三年（西元一四二八年），道教南北兩派代表人物，全真教的陳風便和正一教的王至玄等，仿效佛教刻造石經的意圖，募刻了道教的《玉皇經》，包括《高上玉皇本行集經髓》、《太上洞玄靈寶高上玉皇本行集經》、《玉皇本行集經纂》、《無上玉皇心印經》等四部，共刻石八塊，也送至房山石經山貯藏（藏於第七洞）。此經的跋文說：
「涿鹿山雲居寺，有洞室貯釋梵之經，殆至萬卷，故名是山為小西天焉。夫三界萬靈，莫尊於昊天金闕玉皇上帝，玄功妙法，載在本行集經。正當刻金石，藏之名山，傳之萬世也。是以至心各捐資力，請匠鐫刻《經髓》暨《經纂》及《心印經》，共為一卷，凡一千七百四十八字，置諸石室，用彰悠久。……時大明宣德三年四月吉日……。」
這些道教石經和佛教石經比較起來真是滄海一粟，但通過這次道教石經的貯藏，却可以看到明代佛道兩教關係的一斑。
成化年間雲居寺的住持，喇嘛僧嗔嗒㗭哩，以及附近的佛教信徒張普旺等，也曾對雲居寺和石經的維護盡過力的。萬曆時名僧達觀真可和憨山德清曾到雲居寺訪問，當時雲居寺石經山又趨衰落。真可在《示東西雲居寺僧眾》中感慨地說：「涿州石經山為天下法海。自隋琬祖以來，龍象蹴踏，振揚宗教，代不乏人。逮我明，珠林鞠為草莽，金碧化為泥塗！」他於感慨之餘，募緣修理了琬公塔。德清撰《復涿州石經山琬公塔院記》為記其事。
明代正式續造石經是在明末萬曆末年至天啟、崇禎年間。當時有吳興沙門真程勸說在北京的一些南方籍官吏、居士，如葛一龍、王思任、趙琦美、馮銓、李騰芳、董其昌、黃汝亨等刻造石經。他們集資先在北京石燈庵用小石版刻好佛經，然後送往石經山貯藏。據現存石經資料顯示，這時期所刻的石經有：《四十華嚴》、《法寶壇經》、《寶雲經》、《佛遺教經》、《四十二章經》、《大方廣總持寶光明經》、《梵網經》、《阿彌陀經》等十餘部。這時由於石經山上洞穴都已藏滿封閉，於是又在雷音洞左邊新開鑿一小洞，將這些經碑藏入，洞額由董其昌題「寶藏」二字，俗稱為「寶藏洞」（今為第六洞）。房山雲居寺石經的刻造事業，到此才算最後結束。