明上三灌顶后依及结行仪轨品第十之一
(酉二)密灌頂
密灌顶
先供物请白者，以幔帐等隔成屏处，弟子胜解师为金刚萨埵，以具足三昧耶之智慧母，生处无坏，年满十二等之童女，奉献师长。如《大印空点》第二云：「贤首纤长目，容貌妙庄严，十二或十六，难得可二十，廿上为余印，令悉地远离，姊妹或自女，或妻奉师长。」论说：「彼若无者，余者亦可。」是说年华容貌等德，非说具三昧耶或可例外，以说「喜依不具足三昧耶明妃」犯粗罪故，次当合掌请云：「由师足下恩，我得无上事，是故密灌顶，愿依怙摄受。」修密灌顶物者，次由师长具主尊慢，将俗女身观空之后，生天女身，先应加持金刚莲华，而入等至。念诵：「嗡萨嚩达塔伽达阿奴惹迦那，班𱒤娑跋嚩，阿摩郭吭。」此出《幕经》与《集密经》。想以心间种子放光，召请毘卢佛与佛眼等入定，从毘卢门入自身中，大贪溶化，经阿嚩都底至金刚摩尼，坚固俱生。如《集密后续》云：「金刚莲华合，集诸有金刚，身语意加行，彼悉摄心中，由金刚路出，降于弟子口。」传密灌顶法者，次从莲华取其金刚，以大指无名指取摩尼宝。胜解如来化汁与自菩提心无二，恐彼持语金刚弥陀慢之弟子，见而不信，故遮其面，非彼手眼所及，诵：「《金刚鬘经》所说之过去金刚持，为佛子灌顶，以妙菩提心，今为子灌顶。」又诵「嗡啊班𱒤枳吽」等主尊咒，置彼口中。弟子亦应想是毘卢佛等一切如来总集体性，念诵「阿贺摩诃苏喀」而咽。咒义为希有大安乐。次明妃从定起，不着衣服，于莲华中取甘露滴，如是置彼口中，彼亦如上而饮。言如是者，谓非眼手之境，亦以大指无名指取，如前诵咒及颂。言如上者，谓以总集一切佛心而饮，亦如前诵「阿贺摩诃苏喀」。月称论师、答日迦跋《持祥》等说，虽一弟子亦须父母俱传秘密灌顶，缺一不成。从父边得密灌顶理，如《明炬论》〈第八品〉云：「师长将菩提心安置螺杯等中，和以香水，唱吉祥颂为先，而为弟子灌顶。」如世尊于《月密点》云：「由出宝然菩提心，一切诸佛悉憔悴，清净金刚生智水，以无垢宝为灌顶。」如是《五次第论》及《摄行论》亦说将菩提心安置瓶内或螺杯中而为灌顶。《明显双运论》说师长以大指无名指授弟子口之后，仍将菩提心放螺杯等中，和以香水，唱吉祥颂为先而为灌顶。引《月密空点经》为证，拏热巴于《集密后续》释说。前者是第一密灌顶，后是略密灌顶。难胜月与《明显双运》说修弟子为毘卢而传密灌顶。秘密灌顶之体，如《大印空点》第二云：「由大无名合，受用入内身，尔时生正智，犹如童女乐。」谓以师长父母空点安置舌上，由尝彼而生妙乐三摩地。答日迦跋师云：「或是以语业，授解脱体性，唱阿贺苏喀，妙乐充满身。」此说唯以言语灌顶，故令观想明显，于修得三摩地，明密灌顶。此灌顶于世俗菩提心曼陀罗中得，是语金刚自性。于修金刚念诵等风瑜伽而得自在。《结合经》第七云：「增上菩提心，曼陀罗中得。」又云：「彼之自体性，即语金刚性，妄语等前后，清净罪不生。」又云：「金刚念诵体，明如幻三昧，眼等诸内法，达现有远离。」拏热巴于《后续释》中说得密灌顶后，开示幻身教授。《明显双运》虽说：「为表自加持故表示慧者，谓即智慧灌顶，是为第三。」然《五次第》说于密灌顶后，赞叹幻身教授开示幻身。《口授》（智足造）亦云：「由彼净刹土，当通达诸法，幻等十二义。」故若得密灌顶即成幻身法器。罗睺罗、吉祥友许此灌顶俱净语意。日生说为报身自性，义如前说。此之三昧耶者，《结合经》说依五甘露，不害众生，不舍女宝，不毁师长。名义，是以父母菩提心密物灌顶故，名密灌顶。
先用幔帐等物隔出隐蔽空间，弟子要将上师观想为金刚萨埵，将具足三昧耶誓约的智慧母——要求身体完好、年满十二岁的童女（也可用至十六岁，难得可用至二十岁，超过二十则属于其他印，会使成就远离）——奉献给师长。如论典所说“若无合适童女，其他亦可”，这里指的是年龄容貌等条件，并非说可以不守三昧耶戒律，因为依靠不具足三昧耶的明妃会犯重罪。
随后弟子合掌祈请：“仰仗师长恩德，我得遇无上法，因此密灌顶，祈请依怙摄受。”进行密灌顶时，上师先观想自身为主尊，将世俗女身观空后化为天女身，加持金刚与莲花后入定。诵咒：“嗡 萨嚩达塔伽达 阿奴惹迦那 班𱒤娑跋嚩 阿摩郭吭。”此咒出自《幕经》与《集密经》。观想心间种子字放光，迎请毗卢遮那佛与佛眼佛母等入定，从顶门融入自身，大贪融化后经中脉降至金刚摩尼，坚固俱生乐。如《集密后续》所说：“金刚莲花相合，聚集一切金刚，身语意加行，皆摄于心间，由金刚路而出，降于弟子口中。”
传授密灌顶时，上师从莲花中取金刚，用拇指与无名指取摩尼宝。观想如来化现的甘露与自身菩提心无二无别。为避免持语金刚阿弥陀佛誓约的弟子见而不信，需遮挡其视线，不令其手眼触及。诵偈：“《金刚鬘经》所说，过去金刚持，为佛子灌顶，以妙菩提心，今为子灌顶。”再诵“嗡啊班𱒤枳吽”等主尊咒，将菩提心置于弟子口中。弟子应观想自身为毗卢遮那佛等一切如来总集体性，诵“阿贺摩诃苏喀”而咽下。此咒意为“希有大安乐”。
随后明妃从定中起身，不着衣物，从莲花中取甘露滴，同样置入弟子口中，弟子亦如上饮下。“同样”指非眼手所能及，亦以拇指无名指取用，如前诵咒及偈颂。“如上”指以总集一切佛心而饮，亦如前诵“阿贺摩诃苏喀”。月称论师、答日迦跋《持祥》等说：即便一名弟子也需父母双方面传授秘密灌顶，缺一不可。从父边得密灌顶之理，如《明炬论》第八品说：“师长将菩提心置于螺杯等器中，调和香水，先唱吉祥颂，而后为弟子灌顶。”如世尊在《月密点》中说：“由出宝然菩提心，一切诸佛悉憔悴，清净金刚生智水，以无垢宝为灌顶。”《五次第论》及《摄行论》亦说将菩提心置于瓶内或螺杯中灌顶。《明显双运论》说师长以拇指无名指授弟子口后，仍将菩提心放螺杯中，调和香水，唱吉祥颂而作灌顶，引用《月密空点经》为证。拏热巴在《集密后续释》中说：前者是第一密灌顶，后者是略密灌顶。难胜月与《明显双运》说观弟子为毗卢遮那佛而传密灌顶。
秘密灌顶的实质，如《大印空点》第二品说：“由大指无名指相合，受用融入身内，此时生起正智，犹如童女乐。”指以师长父母空点置于舌上，尝后生起妙乐三摩地。答日迦跋师说：“或是以语业，授解脱体性，唱阿贺苏喀，妙乐充满身。”这说明仅以言语灌顶，令观想清晰，于修持中获得三摩地，称为明密灌顶。
此灌顶在世俗菩提心曼陀罗中获得，是语金刚自性。通过修持金刚念诵等风瑜伽而得自在。《结合经》第七品说：“增上菩提心，曼陀罗中得。”又说：“其自性即语金刚性，妄语等罪业前后清净不生。”又说：“金刚念诵体性，明如幻三昧，眼等诸内法，达现有远离。”拏热巴在《后续释》中说获得密灌顶后，开示幻身教授。《明显双运》虽说：“为表自加持故表示慧者，即是智慧灌顶，是为第三。”但《五次第》说在密灌顶后，赞叹幻身教授并开示幻身。《口授》（智足造）亦说：“由彼净刹土，当通达诸法，幻等十二义。”因此获得密灌顶后即成为修幻身的法器。
罗睺罗、吉祥友认为此灌顶同时净化语意。日生说此为报身自性，义理如前所述。此灌顶的三昧耶戒律，《结合经》说需依止五甘露，不害众生，不舍女宝，不毁师长。其名称含义是因以父母菩提心密物灌顶，故称密灌顶。
秘密灌顶嗢柁南曰：
秘密灌顶的要义概括如下：
供明妃请白 生弥陀弟子 师长及佛母 二密物灌顶 授灌顶清净
向诸佛之母光明尊者祈请，阿弥陀佛弟子以至诚之心，恭请师长赐予殊胜密法灌顶，以二种密续圣物圆满加持，令灌顶功德清净无染。