大章第三明宗者，妙玄云：宗者，修行之喉襟，顯體之要蹊。如梁柱持屋，結網綱維，提維則目動，梁安則桷存。蓋因果之宗，是一經顯體之要故也。釋此為二：初簡宗體，次正明宗。簡宗體者，妙玄云：有人言：宗即是體，體即是宗。今所不用。何者？宗致既是因果，因果即二理，體非因非果，體即不二。體若是二，體即非體；體若不二，體即非宗；宗若不二，宗即非宗；宗若是二，宗即非體。云何而言體即是宗，宗即是體？又梁柱是屋綱維，屋空是梁柱所取，不應以梁柱是屋空，屋空是梁柱。宗體若一，其過如是。又宗體異者，則二法孤調，宗非顯體之宗，體非宗家之體。宗非顯體之宗，則邪倒無印；體非宗家之體，則體狹不周。離法性外，別有因果。宗體若異，其過如是。今言不異而異故有宗，不一而一故有體。釋論云：離諸法實相，餘皆魔事。普賢觀經云：大乘因者，諸法實相是；大乘果者，諸法實相是。即其義也。當知實相體通而非因果，行始辨因，行終論果，是則諸大乘經皆以實相因果為經宗要也。次正明宗者，諸大乘經雖通以實相因果為經宗要，但因果體通而遍應眾號，如觀經疏以修心妙觀感四淨土為經宗要。修心妙觀，實相因也；四種淨土，實相果也。今經云：汝等若欲捐捨聲聞，修菩薩乘，入佛知見，應當審觀因地發心與果地覺為同為異？若於因地以生滅心為本，修因而求佛乘不生不滅之果，無有是處。此義正同普賢觀經大乘因果皆是實相。然通義若此，別義云何？昔孤山圓師甞判此經以圓通妙定為宗，蓋的取觀音耳根圓通，通取一經所明定行。雲間師則以楞嚴妙定為宗，謂阿難始以三止為請，故經之初後非談空假即說中道，此為宗要。今觀二師所立，雖俱得其旨，然皆有義無文，悉非經之正意。其正意者，乃佛之知見也。以此為宗，不唯攝法周備，文義亦復顯然。如經初如來首告之云：一切眾生生死相續，皆由不知常住真心性淨明體。徵心之初，如來問云：惟心與目今何所在？當機復請云：發妙明心開我道眼。如來許云：令諸眾生獲妙微密性淨明心得清淨眼。四卷斥凡小云：用世語言入佛知見。阿難請入華屋云：得陀羅尼入佛知見。如來答云：汝欲捐捨聲聞修菩薩乘入佛知見，應當審觀因地發心。五卷云：知見立知即無明本，知見無見斯即涅槃。此等經文凡若干處，顯言知見體用。復次知見乃是略舉備必六根，故經云：令汝安樂妙常。同是六根，更非他物。然根必對境，對必發識。是以經中前之四卷明體，廣約陰入處界及以七大以明常住真心。下文明宗，亦各以體中一法以陳圓通，故有二十五聖之多以明佛之知見。故經云：十方如來於十八界一一修行皆得圓滿菩提。此等經義皆所以顯詮佛之知見也。言攝法周備者，如知見既備六根，則耳根在其中矣。既曰知見無見，斯即涅槃，此則六根通須首楞大定為本，謂之佛之知見也。故阿難經初有通別兩請，如來下文亦有通別兩答。自徵心訖自證，皆所以答通請奢摩他也。請入華屋訖選圓通，皆所以答別請最初方便也。然答別之中，雖正意在別，而意亦兼通。如初心二決定義云：汝等若欲捐捨聲聞(云云)，此則意令依常住真心以修大定，乃通義也。次云汝等(云云)，此則意令即六根降伏煩惱，乃別義也。又此二決定義，乃應前二種根本而說。彼云：一者無始生死根本，即第二決定也。二者無始菩提涅槃元清淨體，即第一決定也。須知一經所詮，不出二種決定，如來乃先立二種根本。是則一經大旨，於首卷中先已舉似，後之經文，不過敷陳委悉二決定之義耳。又二種根本決定，亦是總答。阿難通別兩請，第一根本及第二決定，答別也。第二根本及第一決定，答通也。所以阿難必通別兩請，如來必通別兩答者，蓋通若無別，則通無所入之門。別若無通，則別為事相之行。如世人誰無六根，由知見立知，即無明本。諸佛豈無六根，由知見無見，斯即涅槃。如人有目，日光明照，乃能見種種色也。問：若以佛之知見為宗者，則佛勑文殊選擇耳根，又何所謂？答：佛所以命文殊惟選耳根者，蓋入道雖有多門，初心豈能遍入？故令但於一門深入，入一無妄，彼六知根一時清淨。然於所入一門又必有要，苟得其要，則與不圓根日劫相倍。此方眾生餘根識鈍，惟耳根最利，故文殊順機選之，以此耳根圓通為入佛知見之要門，非謂圓通但只耳根而已。此與摩訶止觀初心修觀必先內心，故於三科揀却界入，復於五陰又除前四，的取識陰為所觀境，如去丈就尺、去尺就寸，伐樹得根、灸病得穴，千枝百病自然銷殞，大同小異。所以異者，彼觀第六識成圓妙三諦，此觀耳根以入圓通，所觀之境雖異，其於所顯之理又則一也。今釋此取意為二：初順機對待以明耳根，次順理絕待以明諸境。初順機對待以明耳根者，所謂此方真教體，清淨在音聞，欲取三摩地，實於聞中入。聞即耳根，以耳根為所觀之境而入圓通，故觀音自敘云：初於聞中入流亡所。然耳根為境，必云何觀之而能入流亡所？須知今明宗者，能觀之觀也；向明體者，所觀之境也。而觀依境發、境資觀顯，此中略不言入流工夫者，為已備於前文故也。故入流之旨其法無他，但初於聞中稱性觀此耳根本理如是常住、如是真淨，即是入流。言流者，乃圓通之異稱也。不入流則已，若能入流即已亡，所以聲處是耳處故。是則凡言有聲塵之所者，因循聲而流轉故也。既入圓通，何容有所？問：若體此耳根常住真淨，即是入於圓通，則根塵識三皆可等入，又何貴於耳根？答：根塵識三雖皆常住，秪可隨佛正教之量皈依仰信，實非眾生所有智分。若耳根常住真淨，就眾生現量而示，其理灼然。故文殊偈云：如觀音所說，譬如人靜居，十方俱擊皷，十處一齊聞。此則圓真實。隔垣聽音響，遐邇俱可聞，此則通真實。聲無亦無滅，聲有亦非生，生滅二圓離，此則常真實。常真實，常也；圓真實，住也；通真實，即也。此數偈不唯可以騐耳根本理，圓妙行者亦宜持此以資圓修。如人靜居之時，隨其音聲發於何方，應於障外，或動或靜，而吾之聞性圓通常住，於此彌可資而得矣。經云：今此娑婆國，聲論得宣明。又云：此方真教體，清淨在音聞。深有意乎其言之也。下言所入既寂，動靜二相了然不生者，所謂流既入矣，則返流全一，能所都亡，妙淨明心迥然獨脫，皆自然而然，妙證一時，不容前後。而經方言如是漸增等者，有以見語言文字不足以載道者，蓋在乎此。學者殆不可以次第取思議會，其於此理殆庶幾焉。問：前云六根通以首楞大定為本，而為佛之知見。今云入流之旨，其法無他，但體此耳根常住真淨即是入流，且與前釋名中奢摩他等云何會合？答：觀子之問，似必以止而止其動，必以觀而觀其昏，方曰修於止觀。亦必曰以空而破其有，以假而破其無，以中而泯其邊，方曰修於三觀。即世人之忽視圓頓止觀，類若是也。若然，則纓絡初地之修三觀，此經始終之修奢摩，皆成有作，何名聖階？須知夫止觀者，無妄名止，不昏名觀，明靜寂照，定慧之異稱也。如方其入流之時，胷中稍有一絲情繫，則彼聞性莫得其圓，通且常矣，烏足以為入流乎？故善入流者，當是時根塵逈脫，獨露真常，知滅對遺，惺惺寂寂。如偈所謂聞復翳根除，塵消覺圓淨。淨極光通達，寂照含虗空矣。何止觀而不在乎？又復應知，法本非空非假，亦非非空假。秪由法性絕待，就此寓名為中；秪由法性無染，就此寓名為空；秪由法性具足諸法，就此寓名為假。只一法性，即絕待，即無妄，即具法。如摩尼寶珠，即瑩徹，即具寶，即體圓。雖三宛然，而是一珠；雖是一珠，而三宛然。耳根圓通，亦復如是。十方俱繫皷，十處一齊聞。就此絕待，說名為中。能觀此圓，是觀中道。故經云：空覺極圓，空所空滅。隔垣聽音響，遐邇俱可聞。就此無礙，說名為空。能觀此通，是觀真空。故經云：盡聞不住，覺所覺空。聲無亦非滅，聲有亦非生。就此無生，說名為有。能觀此常，是觀妙有。故經云：動靜二相，了然不生。天台云：全由性具，實匪修成。不其然乎？此猶約不次中說於次第。若不次不次說者，舉圓必通必常，舉通必圓必常，舉常必圓必通。是故返聞之時，但觀其圓，則通之與常，皆在是矣。故觀音云：我從耳門，圓照三昧，緣心自在，因入流相，得三摩地。又云：我由觀聽，十方圓明，故觀音名，遍十方界。此乃稱性而觀，絕待而照。天台云：圓人始終，皆以中觀為體。此經初信云：即以此心中，中流入如來。彰自證云：我以不滅不生，合如來藏，而如來藏，惟妙覺明，圓照法界。二决定云：依不生滅，圓湛性成，以湛旋其虗妄滅生。皆此意也。此之妙觀，照而常寂，亦名息二邊分別，止一切妄思。由體此而息，亦名體真止，亦名空觀。隨聞一切音聲，達此聲處，全是耳處，以聞性圓故，亦名方便隨緣止，亦名假觀。此乃即觀之止，即止之觀，即中道之空假，即空假之中道也。入流之時，五住磐石砂礫，一切休息，名止息止。心緣中道，入實相慧，名停止止。實相之慧，即非止非不上(云云)。偈云：宣說金剛王，如幻不思議，佛母真三昧。又云：聞熏聞修，金剛三昧，無作妙力，旨歸於此。問：經中入流亡所，古人有以法性流釋之，或言聖流之流。栢庭揀云：然皆通而未的，不當經旨。以今言之，此一流字，正指耳根聞機所在，至微至極，間不容髮，差之毫釐，失之千里。今論圓通常云：秪由法性絕待，說名為中。何與栢庭所立，頓相反耶？答：夫法性者，有通有別。通謂諸法同以一真法界為性，別謂諸法各有自性。然諸法是一真法界本有，即通是別，即別是通，故無通不別，無別不通。是以一真法界之性圓通常，諸法之性亦莫不皆圓通常。他乃混以法性流釋，故揀云通而不的。今則的指耳根法性即圓通常，正在其所取，不在其所揀也。問：天台明法性有三種：一曰性體，此當正因；二曰性量，此當了因；三曰性具，此當緣因。今觀耳根圓通，於三性中為觀何性？答：夫耳根者，本無明生死之法，以由性具，故能當體即圓通常，圓通常即性體性量。今則稱此而觀，乃即性具觀性體性量也。問：若性具者，必生佛互具，根塵互攝。在今耳根，其義云何？答：性具之法，有自有他，自心生佛，他心生佛，只此耳根，靡不畢具。耳根圓通常，自他生佛亦圓通常，故曰陰入處界本如來藏，又曰清淨本然周遍法界。譬如一室千燈，彼彼互具，彼彼互遍。故今只觀耳根，而自他生佛莫不等觀。故觀音妙證之時，而云忽然超越世出世間，上合十方諸佛同一覺心，下合六道眾生同一悲仰，頓獲三十二應、十四無畏、四不思議。若不修時，一念頓觀果地，何能頓合生佛？又若自心不具己他生佛，則三十二應等皆成作意神通。須知此云合者，即前不生不滅合如來藏十界三諦也。稱性而修，名之為合；背性而修，名為不合。覽教之者，故宜會通。耳根圓通竟。次順理絕待以明諸境者，所謂歸元性無二，方便有多門，聖性無不通，順逆皆方便也。此中絕待須明兩意：一、順耳根之理以論絕待，次、順諸境之理以論絕待。初意者，前之耳根既圓通常，若此則當體法界攝法無餘，未甞有一法非耳根圓通所在。故善入流者，奚惟觀聲處，即耳處、味處、香處、根處、識處乃至七大，皆可入耳門圓照三昧。離耳根圓通外，更無他法可得，故云絕待。次順諸境之理以明絕待者，前之絕待傍兼而已。若正論者，一切諸法莫非圓通，故陰、入、處、界皆云本如來藏常住妙明、不動周圓、妙真如性。不動周圓，圓也；妙真如性，通也；常住妙明，常也。七大云：清淨本然，周遍法界。周遍法界，圓也；清淨，通也；本然，常也。又一二卷中顯示見性周遍，圓也；非舒非縮，通也；屈指飛光騐見不動，常也。是故以理言之，無非圓通，豈獨耳根之可取，餘境之可去乎？但此方眾生餘根識鈍，耳根最利，故佛順初機勑文殊選之，故諸聖亦不一槩稱理陳述。蓋遵佛勑，所謂汝等最初悟十八界，從何方便入三摩地之意耳。但眾生心病既多，療治難專一藥，即世人之善攝生者尚能導養得所，矧學佛之知善權者乎？且此經未來人亦得道，應病順習，豈得必拘？是故逆取經宗載伸兩意：一、順經文，二、順藏理。順經文則二十四門大小有殊，順藏理則陰、入、處、界一味平等。何則？蓋世尊既命各述最初所悟方便，則諸聖宜遵佛勑，隨以本時所悟而宣。故經二十五門，大小偏圓，條然有異。此義皎然，固無足以開權未開，而為紛紛之競矣。今之所釋，意存修入，合順藏理，以闢圓門。順經文，已如諸解。所釋順藏理，今略明之。大意為二：一縮法併義，二正明諸門。縮法併義者，若二十四門逐一分釋，則似文繁。單明一十八界，則似義闕。故縮地水火風空五大以入六塵，縮見大以入六根，縮識大以入六識，秪作三科而釋。併七大如來藏性色真空等義，以例三科而解。文約既盡，義深且明。況界以大為體，大與界同義，故縮之併之。行者苟能持此縮併文義，以歷六根，則雖剎剎塵塵，皆斯妙觀矣，又何直於二十五門而已哉。次正明諸門，為三：初六塵，次六根，三六識。六塵者，色聲香味觸法也。數雖秪六，義各有三。所謂違色順色，非違非順之色。乃至違法順法，非違非順之法。不可意者為違，可意者為順，非可意非不可意者為非違非順。眾生日用，目之所覩，乃至意之所知，不出此法。由眾生盲瞑，不了此法，其相虗假，其性乃真，所以執之以為實有。於是逢可意之色，乃至逢可意之法，即起貪愛。逢不可意之色，乃至逢不可意之法，即起嗔恚。逢非可意非不可意之色，乃至逢非可意非不可意之法，即瞢然無記。此之三毒，諸惑根本。根本既立，技末浩然，流浪生死，莫之遏絕。今之行人，既聞圓理，逢此等境，即當了達法無自性，當體我心，性色真空，性空真色，乃至性法真空，性空真法，清淨本然，周遍法界，無能無所，非有非無。若逢違順之境，以此稱性三止而止息之，則貪嗔之心，預能降伏。若逢非違非順之境，以此稱性三觀而照了之，則無記之心，預得破除。次六根者，非取浮塵根以為根體，乃取能見能聞勝義之根。此之六根，乃眼因明暗，耳因動靜，鼻因通塞，舌因甘淡，身因離合，意因生滅。吸此塵象，以為見聞嗅嘗覺知之性，離此諸塵，畢竟無體。眾生不了，謂能見聞，取境發識，念念執著，流浪生死，不能斷除。今之行人，既聞圓理，於此諸根，即當了達法無自性，當體我心，性見覺明，覺精明見，乃至性知覺明，覺精明知，清淨本然，周遍法界，無能無所，非有非無。若因明暗生眼見時，乃至生滅生意知時，以此稱性三止而止息之，則善惡之心，不能生起。若明暗等滅，見亦隨滅，乃至生滅滅時，意亦隨滅，以此稱性三觀而照了之，則無記之心，預得破除。三六識者，謂眾生日用根塵相對，即有心起，取境分別，名之為識。此之六識，乃眼色為緣，生於眼識，乃至意法為緣，生於意識，離此根塵，本無自體。眾生不了，謂為我心，念念分別，心心生滅，致羅生死，無有盡期。今之行人，既知圓理，於此六識，即當了達。識無自性，當體妙心，性識明知，覺明真識，妙覺湛然，周遍法界。若根塵緣起，生分別時，以此稱性三止而停止之，如此等心，即得併息。若根塵緣離，生無記時，以此稱性三觀而照了之，此無記心，即得破除。此妙奢摩他，是金剛王寶覺，諸塵勞門，擬之即銷。行者自當取意而修，不暇多云矣。問：耳門三昧，與餘三昧，相比較量，勝劣有幾？答：耳根圓通，勝妙甚多。今以要求，大略有二。蓋圓修法門，一須因果名目相應，一須淺深可以長修。因果相應者，如經云：因地發心，與果地覺，為同為異？若於因地，以生滅心為本修因，而求佛乘不生不滅，無有是處。且經言：果地覺中，有七種名，所謂菩提、涅槃、真如、佛性、菴摩羅識、空如來藏、大圓鏡智。是七種名，稱謂雖別，莫不清淨圓滿，體性堅凝，如金剛王，常住不壞。今觀二十五聖，因地發心，唯觀音耳門三昧，具圓通常，與果地覺名目相應。其餘三昧，或得其一，不得其二，況復具三。如二十四中，擇其利者，則眼根為上。若相與比較，惟屈指飛光，騐見不動，正與耳根擊鐘，騐常相類。若論圓通眼根，則見性雖洞然，明前不明後，四維虧一半，及不能觀於障外。非如耳根，十方俱擊皷，十處一齊聞，隔垣聽音響，遐邇俱可聞。故眼見雖得一種常住不壞，與果地名目相應，既不得圓之與通，則果地清淨圓滿之德，又不能與之相應矣。又復應知，今耳根圓通，十方俱擊皷，十處一齊聞，即果地大圓鏡智也；隔垣聽音響，遐邇俱可聞，即空如來藏也；聲無亦非滅，聲有亦非生，即真如佛性菴摩羅識也；淨極光通達，寂照含虗空，即菩提涅槃也。又耳根三昧，若以題中大佛會通者，十方俱擊皷，十處一齊聞，即大取包括法身法界，遍一切處，是廣大義也；聲無亦非滅，聲有亦非生，即多取含攝報身智境，照發相應，不可窮盡，是含攝義也；隔垣聽音響，遐邇俱可聞，即勝取秀出應身自在，無能遏絕，是勝出義也。乃至十種大義，十種三法，一一會通可知。是故耳根三昧，若總若別，皆與果位相應。次淺深長修者，其餘法門，或淺位可修，深位不可，如優波尼沙陀修不淨觀等；或深位可修，淺位不可，如普賢心聞洞十方，生於大因力等。故文殊揀云：自餘諸方便，皆是佛威力，即事捨塵勞，非是長修學，淺深同說法。今耳根三昧具圓通，常初心修此，尚與極果名目相應，況其餘深位乎？故結位中云：是種種地，皆以金剛觀察如幻十種深喻，奢摩他中，用諸如來毗婆舍那清淨修證，漸次深入。普賢觀經云：大乘因者，諸法實相是；大乘果者，諸法實相是。於茲見矣。
第三大章 阐明宗旨。《妙玄》说：宗旨是修行的纲领，显发本体的枢要。如同梁柱支撑房屋，网绳维系渔网，提起总纲则网目自然张开，梁柱稳固则椽子得以安立。因为因果的宗旨，正是一部经典显发本体的关键所在。对此分两部分阐释：先辨明宗旨与本体的关系，再正面阐明宗旨。
辨明宗旨与本体时，《妙玄》指出：有人认为宗旨就是本体，本体就是宗旨，这种观点不足取。因为宗旨指向因果，因果分属二谛之理；而本体超越因果，本属不二法门。若本体落入二边，便不成其为本体；若本体绝对不二，又与宗旨的二分性相违；若宗旨绝对不二，则丧失指导修行的作用；若宗旨落入二边，又与本体的一味性相悖。怎能说本体即宗旨，宗旨即本体？譬如梁柱是房屋的架构，房屋空间是梁柱围合而成，不能说梁柱就是空间，空间就是梁柱。若将宗旨与本体混为一谈，就会产生这类谬误。反之若将二者割裂，则导致两法孤立：宗旨失去显发本体的功能，本体脱离宗旨的修证体系。宗旨不能显体，则邪见无从勘验；本体不契宗旨，则体性偏狭难周。如此便成法性外别有因果，其过患同样严重。正确的理解是：不异而异故有宗旨，不一而一故有本体。《释论》云："离诸法实相，余皆魔事"；《普贤观经》谓"大乘因者诸法实相是，大乘果者诸法实相是"，正是此意。须知实相本体贯通一切而非因果，修行初始辨明因位，修行终极证得果位，因此诸大乘经皆以实相因果为宗旨核心。
正面阐明宗旨时需知：虽然诸大乘经普遍以实相因果为宗要，但因果本体贯通一切而应机立名各有侧重。如《观经疏》以修心妙观感得四土为经宗——妙观即实相之因，四土即实相之果。本经云："汝等若欲捐舍声闻，修菩萨乘，入佛知见，当审观因地发心与果地觉为同为异？若于因地以生灭心为本修因，而求佛乘不生不灭之果，无有是处。"此义正与《普贤观经》"大乘因果皆是实相"相通。然通义如此，别义何在？昔孤山圆师判本经以圆通妙定为宗，特取观音耳根圆通，统摄全经所述定行；云间师则以楞严妙定为宗，因阿难启请三止，故经中前后非谈空假即说中道。今观二师所立虽各得旨趣，然皆义出己见而无明文依据，均非经旨正意。其正意实为"佛之知见"——以此为宗不仅摄法周备，文义亦极鲜明。如经初如来即开示："一切众生生死相续，皆由不知常住真心性净明体"；征心时问："唯心与目今何所在"；阿难请"发妙明心开我道眼"；如来许"令获妙微密性净明心得清净眼"；四卷斥凡小"用世语言入佛知见"；请入华屋时言"得陀罗尼入佛知见"；如来答"汝欲捐舍声闻修菩萨乘入佛知见"；五卷云"知见立知即无明本，知见无见斯即涅槃"。此类经文多处显发知见体用。且知见乃略举，实则统摄六根，故经云"令汝安住妙常"者，即是六根更无他物。然根必对境，对境必发识，故前四卷显体广约阴入处界七大阐明常住真心，后文明宗亦各依体中一法陈圆通，故有二十五圣各显佛之知见。经云："十方如来于十八界一一修行皆得圆满菩提"，皆在诠显佛之知见。
言摄法周备者：知见既统六根，耳根自在其中；"知见无见即涅槃"之说，表明六根皆须以首楞严大定为本，此即佛之知见。故阿难经初有通别二请（总请三止、别请方便），如来后文亦有通别二答（自征心至自证答通请奢摩他，自请入华屋至选圆通答别请最初方便）。答别请时虽侧重方便，亦含通义：如初心二决定义中"汝等若欲捐舍声闻"云云，是令依常住真心修大定（通义）；后文"汝等"云云，是令就六根降伏烦恼（别义）。此二决定义正对应前文二种根本：无始生死根本即第二决定义，无始菩提涅槃元清净体即第一决定义。须知全经所诠不出此二决定，如来先立二种根本，实已将全经大旨于首卷揭橥，后文不过详尽开演二决定义。二种根本决定亦是总答阿难通别二请：第一根本及第二决定属别答，第二根本及第一决定属通答。阿难之所以必作通别二请，如来必作通别二答，盖通若无别则无入门之径，别若无通则成事相之行。如世人皆有六根，因"知见立知"而成无明本；诸佛亦具六根，由"知见无见"即证涅槃。犹如人有目、日光朗照，方能见种种色。
问：若以佛之知见为宗，佛敕文殊独选耳根，其义何在？答：佛命文殊专选耳根者，因入道虽有多门，初心难以遍入，故令一门深入——入一无妄则六根一时清净。然所选一门尤重关要，得其要则与钝根者功超日劫。此土众生余根暗钝，唯耳根最利，故文殊顺机选择，以耳根圆通为入佛知见要门（非谓圆通仅限于耳根）。此与《摩诃止观》初心修观必先内心，故于三科简择时舍界入，于五阴又除前四，专取识阴为所观境（如去丈就尺、去尺就寸，伐树得根、灸病得穴），千枝百病自然消殒，其理大同。所异者彼观第六识成圆妙三谛，此观耳根入圆通——所观境虽异，所显理无二。
今释此义分二：先顺机对待明耳根，次顺理绝待明诸境。初者，所谓"此方真教体，清净在音闻，欲取三摩提，实于闻中入"。闻即耳根，以耳根为所观境入圆通，故观音自述"初于闻中入流亡所"。然如何观耳根得入流亡所？须知"明宗"指能观之智，"显体"指所观之境——观依境起，境赖观显。此中略不说入流功夫者，因前文已备。入流要旨无他：初于闻中称性观此耳根——本理常住、真净如是，即是入流。"流"即圆通异称：未入流则循声流转（有声尘之所），既入圆通岂有所在？问：若体认耳根常住真净即入圆通，则根尘识三皆可入，何必独贵耳根？答：根尘识虽皆常住，然唯耳根之理就众生现量灼然可验。如文殊偈："十方俱击鼓，十处一时闻"显圆真实；"隔垣听音响，遐迩俱可闻"显通真实；"声无亦非灭，声有亦非生"显常真实。此数偈不仅验证耳根本理，圆妙行者更可持为修证资粮（静居时随声所发，吾之闻性圆通常住于此弥显）。经云"此方真教体，清净在音闻"，深意存焉。"所入既寂，动静二相了然不生"者，谓既入流则返流全一、能所双亡，妙净明心迥然独脱，皆属自然妙证（经文言"渐增"等，实因言语道断，学者不可作次第解）。
问：前云六根皆以首楞严定为佛之知见，今言入流但体耳根真净，与释名中奢摩他等如何会通？答：若必谓以止止动、以观观昏方名修止观，必谓空破有、假破无、中泯边方名修三观，此乃世人误解圆顿。果真如此，则璎珞初地修三观、本经始终修奢摩他皆成有作，何称圣道？须知止者无妄，观者不昏，即定慧异名。当入流时若胸存情解，则闻性难显圆通，岂得为入流？善入流者根尘迥脱、真常独露，如偈"闻复翳根除，尘销觉圆净"。何尝无止观？更应知法本非空假，由法性绝待假名为中，无染假名为空，具法假名为假——如一摩尼珠即莹彻、即具宝、即体圆。耳根圆通亦然："十方击鼓齐闻"显中道，"隔垣听响"显真空，"声无灭有非生"显妙有。《天台》云"全由性具，实匪修成"，岂不然哉？此犹约次第说，若论圆顿：举圆必摄通常，返闻时但观其圆则通常俱在。故观音云"我从耳门圆照三昧"、"十方圆明"，正是称性绝待之观。《天台》谓"圆人始终以中观为体"，本经初信即言"中流入如来"，自证偈云"我以不生灭合如来藏"，二决定义"依不生灭圆湛性成"，皆此意也。此妙观照寂双运，即体真止（空观）、方便随缘止（假观）、息二边止（中观），实相之慧非止非观。偈云"金刚王如幻三昧"、"闻修金刚三昧"，皆归于此。
问：古德或以法性流、圣流释"入流亡所"，柏庭谓皆通而非的。今言"法性绝待说中"，岂不相违？答：法性有通别——通谓诸法共依一真法界，别谓诸法各具自性。然诸法即一真本有，故通别互摄：耳根法性即圆通常，正取其所显，非混同笼统法性。问：天台谓法性含体（正因）、量（了因）、具（缘因），今观耳根属何？答：耳根本属无明法，由性具故当体即圆通常（体量），乃即性具观体量。问：性具既含生佛互具，今观耳根如何体现？答：一室千灯光光互遍，阴入处界本如来藏，故观耳根即观自他生佛。观音证时"上合诸佛本觉，下合众生悲仰"，顿获三十二应，正显此理（若非性具，应化即成作意神通）。所谓"合"即前文"不生灭合如来藏"，称性为合，背性为不合。
次顺理绝待明诸境者，所谓"归元性无二，方便有多门"。绝待含二义：一顺耳根理论绝待（前已明），二顺诸境理论绝待。诸法本皆圆通：阴入处界"本如来藏常住妙明"，七大"清净本然周遍法界"，见性"周遍非舒缩"——无非圆通常，岂独取耳根？然此方众生耳根最利，故佛顺机令文殊特选。诸圣各述所悟，亦遵佛敕"最初从何方便入三摩地"之意。实则众生习气多端，治法岂限一途？故今释意存修入，顺藏理开圆门。缩七大归六尘（地水火风空入色声香味触），缩见大归六根，缩识大归六识，依三科而释，文约义丰。行者苟达此意，则尘尘刹刹无非妙观。
正明诸门分三：六尘、六根、六识。六尘各含违（不可意）、顺（可意）、非违非顺三义。众生执为实有，起贪嗔痴流浪生死。行人闻圆理，了达"性色真空"、"清净本然"，逢境以三止三观对治。六根非取浮尘根，乃取胜义根（眼因明暗等），离尘无体。众生妄执见闻，今了"性见觉明"、"周遍法界"，根尘生灭时以三止观照破。六识谓根尘缘生分别，今知"性识明知"、"妙觉湛然"，缘起时以三止观销融。此金钢王宝觉，诸尘劳门触之即溃。
问：耳门三昧胜余何在？答：约二端：一因果相应。果地觉有七名（菩提、涅槃等），皆清净圆满常住不坏。二十五圣中唯观音耳根具圆通常三义全契果德。余门或得常失圆通（如眼根见性虽常住，不能遍观障外），难全相应。耳根"十方齐闻"即大圆镜智，"隔垣听响"即空如来藏，"声无灭有非生"即真如佛性，"净极光通达"即菩提涅槃。二浅深普被。余门或浅位可修（如不净观）、深位方修（如普贤心闻），唯耳根三昧初心即与极果相应，渐次深入直至如来地。《普贤观经》"因果皆实相"，于此益明。