一、长科经意者，略作十段长科：一、明如来始成正觉。二、明举果劝修。三、明以果成信。四、明入真实证。五、明发行修行。六、明智悲相入。七、明蕴修成德。八、明利生自在。九、明诸贤寄位。十、明令凡实证。
一、明始成正觉者，即世主妙严品是。
二、举果劝修者，即现相品已下，至毗卢遮那品，总五品经是。及世主妙严品，举佛所成之果，令使人修。
三、明以果成信者，即从佛名号品已下至贤首品六品经是，亦通取前世主妙严品已来总是，便以十个智佛以为自心之果，以不动智佛为首，明自心智随分别性无所动故。
四、入真实证者，从升须弥山顶品已下六品经，是以十住为体，住佛智慧家故。
五、发行修行者，从夜摩天宫已下四品经，是以十行为体，行佛行故。
六、明智悲相入者，从升兜率天宫品已下三品经，是以十回向为体，体圆真俗，成大悲故。
七、明蕴修成德者，从他化自在天中十地一品是蕴，修前三法令惯习成就故。
八利生自在者，十定品已下，乃至普贤行品等十二品经，总是以十地中蕴德成功，十一地利生行满，方名法行圆满佛。
九、诸贤寄位者，即已上六位诸菩萨，并佛出现世间品亦是，皆从性海大智境界中方便出现。其身寄位，成十信、十住、十行、十回向、十地，及等觉位十一地法门，令凡夫信入。
十、明令凡实证者，以法界性中安立十信等六位，进修方便，行不离用，不坏方便，其智弥高，其行弥下，逐根行满，故名进修，随力堪能安立诸位。
已上十段长科经意竟。如法界一品，总通前后四十品经，总法界故。以此法界一品，是一切诸佛及一切众生之果也。若于根本法界门中起延促见，皆是自情妄见，于佛正法之中不成信种。当知是人设修行出三界果，未有成佛之种，即权教六通菩萨、声闻、缘觉是也。如法华经：不退诸菩萨，亦复不能知。此明出生死之不退，未成处生死中不退。又亦但得以空观折伏现行烦恼，入初地见道位，非是已达根本无明，得根本智见不退。如是三乘见道，总是三种意生身菩萨，皆非是法界根本大圆明智初发心住中能十方成佛等不退。三种意生身者，初、二、三地名三摩䟦提乐意生身，四、五、六地名觉法自性意生身，七、八、九、十地名种类俱生无行作意生身。如是三种意生身菩萨，并是法界大圆明智海大宅门外草室，权施方便安立，令诸子等且免火难。如此经下文：声闻在会，如聋若盲。六通菩萨设闻此经，不能生信。设能于佛法生信，但随情生信，迷自智境故，无自契实智起真信修故。若不回心，毕竟不成佛。设复教化众生，还能成得三乘及人天之种，但住一方之净刹，无广大法界量等虗空无边智之大见。