第一、教起因缘者。谓教不自起，有因方兴；因不自持，须待缘扶。故首示教起因缘，有总有别。
教法兴起的因缘。意思是说，教法不会凭空产生，必须有了原因才会兴起；原因本身也不能单独成立，还需要依靠缘分的扶持。所以首先要说明教法兴起的因缘，这有总体和具体两个方面。
总因缘者，谓统论如来一代圣教，惟为一事。如法华经云：诸佛世尊，惟为一大事因缘故，出现于世。所谓欲令众生开佛知见，使得清净故；欲示众生佛之知见故；欲令众生悟佛知见故；欲令众生入佛知见道故。据此，则如来出世，始终惟为一佛知佛见。说惟说此，除此无余可说。纵有所说，亦惟为此。且不惟一佛，佛佛皆然。故为总因缘也。
总的因缘是什么呢？就是说整体来看如来一生所说的圣教，都只为了一件事。就像《法华经》里说的：诸佛世尊，都是因为一大事因缘，才出现在世上。这就是说要让众生开启佛的知见，使他们得到清净；要向众生显示佛的知见；要让众生领悟佛的知见；要让众生契入佛的知见之道。根据这个道理，如来出现于世，自始至终都只是为了佛的知见。说法也只是说这个，除此之外没有别的可说。即便有其他说法，也还是为了这个目的。而且不只是一尊佛这样，所有的佛都是如此。所以这就叫做总的因缘。
别因缘者，别就当经有十所为：一、为警策狂慧故。夫行人以定郭失守必至慧浪偏腾，慧浪偏腾以善辨为能事，定郭失守执多闻为腾场，岂知说食不饱数货常贫，终落邪思难出爱网，为说此经警兹狂慧。如阿难自婬室归来启请妙定，先自恨无始来一向多闻未全道力，又拣选圆通后云阿难纵强记不免落邪思等，皆警策狂慧意也。
这部经的特别因缘，具体来说有十个目的：第一是为了警醒那些只有表面智慧的人。修行人如果定力不足，必定会导致智慧浮夸泛滥；智慧一旦泛滥就会以善于辩论为本事，定力不足的人则把博学多闻当作炫耀的资本。他们哪里知道，光说不练就像数着饭菜不能充饥、清点货物依然贫穷，最终还是会陷入错误的思想，难以脱离欲望的束缚。因此讲述这部经，就是要警醒这种虚浮的智慧。比如阿难从淫室回来后请求传授微妙禅定，自己先懊悔从无始以来一直只顾博闻强记，未能成就真正的修行功夫；后来在挑选圆通法门时又提到，阿难纵然记忆力超群，仍不免落入邪思妄想等等，这些都是为了警醒浮夸智慧的含义。
○第二、勉修真定。故夫慧本不恶，要以定力相扶。欲岂能缠，惟在真修有据。若徒慕真修，而不舍妄缘。纵强制识心，而终非真定。为说此经，用兹勉励。如经云：纵灭一切见闻觉知，内守幽闲，犹为法尘分别影事。又云：现前虽成九次第定，不得漏尽成阿罗汉等。皆勉修真定意也。
第二、劝勉修行真正的禅定。要知道智慧本身并无过错，但需要依靠定力来扶持。欲望本不能束缚人，关键在于真正的修行要有所凭依。如果只是空求真修，却不舍弃虚妄的缘境，纵然勉强压制识心，终究不是真正的禅定。因此宣说这部经典，用来劝勉激励修行者。正如经中所说：纵然灭除一切见闻觉知，向内守着幽深闲寂的境界，仍然属于对法尘的分别幻影。又说：即使现前修成了九次第定，仍不能证得漏尽通、成就阿罗汉果位等。这些都是劝勉修行真实禅定的深意。
○第三、麤销倒想故。良以妄识纷糺，见精失照。执诸法为心外，迷一真于有空。或固执因缘，而系坠权宗。或凝心自然，而驰骋外计。皆为倒想，足障真修。佛为销此，特说此经。如经中破妄识，显真见，会四科，融七大。末复斥以世间无知惑为因缘，及与自然，皆是识心分别计度等。盖分别计度，即是见惑名麤，能障正信名倒。如阿难领信空藏偈云：妙湛总持不动尊，首楞严王世希有。销我亿劫颠倒想，不历僧祇获法身。其为麤销倒想可知。
第三、破除错误观念。因为妄念纷乱，清净觉性失去观照。错把一切现象当作心外实有，迷失真心于空有之中。有的人固执因缘之说，陷入方便法门；有的人执着自然之见，追逐外道理论。这些都是错误观念，足以障碍真正修行。佛陀为消除这些，特别宣说此经。如经中破除妄识，显发真性，融会四科，统摄七大。最后又指出世人无知，错认因缘或自然，都是意识分别计较。这种分别计较就是粗重烦恼，能障碍正信称为颠倒。正如阿难领悟空藏后赞叹：妙湛总持不动尊，首楞严王世稀有。消除我亿劫颠倒想，不经历漫长时劫便得法身。可见此经正是为破除错误观念而说。
○第四、审除细惑故。良以麤想先落，细惑未除。虽信诸法惟心，究未彻惟心之宗源。固知五大圆融，实未了圆融之深故。起心动念，即乖法体。能障性定，惑以细名。佛为除此，因说是经。观阿难于倒想销后，偈云：大雄大力大慈悲，希更审除微细惑，令我早登无上觉等。是知满慈双陈二问，俱属细惑。如来各答其由，即是审除。至满慈疑妄有因，阿难执真成自，如来又复详为委示，其为审除细惑可知。
第四、为了审察去除细微迷惑。因为粗重的妄念虽已先消除，但细微的迷惑尚未除尽。虽然相信一切法都是心所显现，但终究未能透彻心性的本源。虽然知道五大圆融无碍，实际上却未明了圆融的深奥缘由。只要起心动念，便与法性本体相违。这种能障碍本性安定的迷惑，就称为细微迷惑。佛陀为消除这些迷惑，因而宣说这部经典。看阿难在颠倒妄想消除后，偈颂中说：“大雄大力大慈悲，希望再为我审察去除微细迷惑，让我早日证得无上觉悟”等等。由此可知，满慈子同时提出两个疑问，都属于细微迷惑。如来分别解答其中的缘由，就是审察去除。至于满慈子疑惑妄念有生起之因，阿难执着真性成为实有自我，如来又再详细为他开示，这显然是为了审察去除细微迷惑。
○第五、拣示圆观故。夫一心三藏，即妙定全体，如上已明。而四科七大，依孰为观门，其次当辨。虽圣性互通，顺逆皆为方便。而时机各异，修证不无易难。若依根而修，固已超出余门。而六处拣辨，独让闻根为最。为此说经，用兹拣示。如文殊拣选偈云：顶礼如来藏，无漏不思议。愿加被未来，于此门无惑，方便易成就。乃至云：但以耳根修，圆通超余者。其拣示圆观之意，已自显然可见。
第五、说明圆融观修的方法。这一心三藏的真理，就是微妙禅定的全部内涵，前面已经讲清楚了。而四类范畴七大元素，应该依循哪个作为观修门径，接下来需要辨明。虽然圣者的境界互相通达，顺修逆修都是方便法门。但众生的根器各有不同，修行证果确实存在难易差别。如果依六根来修行，本来就已经超越其他法门。而在六根之中详细辨别，唯独推举耳根最为殊胜。为此如来演说这部经典，就是用这种方式来指明。正如文殊菩萨拣选圆通的偈颂所说：顶礼如来藏，无漏不思议。祈愿加持未来众生，对此法门不生疑惑，这是容易成就的方便途径。乃至明确说道：只要依耳根修行，圆通功德就超越其他法门。这其中指明圆融观修的用意，已经可以看得明明白白了。
○第六、详明深修。故夫耳根为最圆最妙之门，承前已论。而深修有悟前悟后之道。其次应明悟前须依境观心，正助兼修。悟后则从性起修，定慧交进。观阿难启请安立道场，远诸魔事。如来示以持戒诵呪，尅期反闻。正教以依境观心，正助兼修也。又阿难以未到涅槃，请示圣位。如来答以类生乱想，三渐灭除。干等诸位，历事渐修。正教以从性起修，定慧交进也。其为详明深修之意，已自历然可思。
第六、详细说明深层的修行。耳根是最圆满、最微妙的修行门径，这一点前面已经讨论过了。而深层修行包括开悟前和开悟后两个阶段。接下来要说明的是：开悟前必须依靠境界来观照内心，正修和助修要同时进行；开悟后则要从自性出发修行，定力和智慧要交替增进。看阿难启请建立道场，远离各种魔障。如来开示要通过持戒诵咒，限期返观闻性。这正是教导我们要依靠境界观照内心，正修与助修并行。又如阿难因尚未证得涅槃，请佛陀解说圣者阶位。如来回答要将各类众生的妄念，通过三个渐次断除。从乾慧地到等觉等各位次，都是通过历事渐修。这正是教导我们要从自性出发修行，定慧交替增进。其中详细阐明深层修行的用意，已经清晰可见了。
○第七、重扶奢摩。故言如来密因，固为奢摩他体。而久沦七趣，正信难以遽成。若能了七趣本空，自信知密因宛在。故自阿难请谈七趣，如来答以自业所招，非本来有。末复斥以汝妄自造，非菩提咎。皆重扶奢摩意也。
第七、重新扶持止观法门。所以说如来的秘密根本，本就是止观的体性。但众生长久沉沦在七种恶道中，纯正的信心难以立刻成就。如果能明白七趣本是空幻，自然能够确信秘密根本确实存在。所以从阿难尊者请问七趣开始，如来就以"都是自己业力所招感，并非本来存在"作答。最后又呵斥说"这些都是你虚妄造作，并非觉悟的过错"。这些都是重新扶持止观法门的深意。
○第八、严护堕落。故言妙三摩提，固为修证了义。而阴境现前，常是用心交互。或误作圣解，而致受群邪。或情生莫禁，而魔入心腹。或妄起贪求，而使天魔得便，附人来惑。或别生异解，而类先世邪宗，坠入彼论。故岐执而堕外侣，或易足而滞小道。总为迷佛菩提，同一违远圆通。一朝堕落，尘劫难复。试看如来将罢法座，极口叮咛，出致魔之缘由，辨阴开之境相。末复教以传示末世，普令觉了。汝当恭钦，最后垂范。皆严护堕落意也。
第八、严防堕落。所以说妙三摩提确实是修证的根本义理。但当五阴境界现前时，修行者的心念常常会相互交错。有时误把幻境当作圣境理解，导致遭受群魔干扰；有时情欲难以克制，让魔障侵入内心；有时妄念贪求生起，使天魔有机可乘，附在他人身上来迷惑修行者；有时产生各种偏邪见解，与过去世的邪说相似，坠入外道理论。因此有人因执着歧见而堕入外道，有人因容易满足而停滞在小乘境界。这都是因为迷失了如来的觉悟，同样违背了圆通法门。一旦堕落，累劫难以恢复。请看如来即将离开法座时，恳切叮嘱，指出招致魔障的缘由，辨明五阴开合的境界相状。最后又嘱咐要将此法传授给末法众生，普遍令众生觉悟。你们应当恭敬遵奉这最后的垂示。这都是严防堕落的深意啊。
○第九、巧遮理障。故言魔事销歇，圆通自获妙悟；万行未圆，禅那犹当进驱。恐才觉阴开，便谓无障可断；适现寂灭，便谓无佛可求。堕增上慢，成素法身，既失利乐众生之大因，亦违庄严净土之妙行。缠绵理障，迍邅悟门，忽尔阴习重生，依旧随他境转。故自阿难重请五阴，如来宣发大慈，既示之以妄想根元，又受之以五阴边际，末复教以理由顿悟，乘悟并销，事非顿除，因次第尽，正巧遮理障义也。
第九、巧妙破除理论障碍。所以说魔事消退后，圆通境界自然获得妙悟；但万千修行尚未圆满时，禅定功夫仍当精进。就怕修行者才见五阴豁然开朗，便以为没有障碍可断；刚体验寂灭境界，便认为没有佛道可求。这样就会陷入增上慢，使本自清净的法身蒙尘，既丧失了利益众生的根本因缘，也违背了庄严净土的微妙修行。若是被理论障碍缠缚，在觉悟门前徘徊不前，忽然间五阴习气重新生起，终究还是要被外境牵着走。因此阿难重新请教五阴要义，如来施展大慈悲力，既开示妄想的根本来源，又指明五阴的边际界限，最后更教导"理可顿悟，借着悟境消融妄念；事须渐修，依照次第断除习气"，这正是巧妙破除理论障碍的精义所在。
○第十、利益今后故。谓解行在穷，现会已蒙深益。见闻为种，当来犹作胜缘。如双标二见之初，如来即云：吾当为汝分别开示，亦令将来诸有漏者，获菩提果。七大圆融之前，如来又云：吾当为汝分别开示，亦令当来修大乘者，通达实相。如是语类，在文非一。良以末法障重，悲念犹深。故文殊选圆则曰：堪以教阿难，及末劫沉沦。如来辨魔则曰：汝等必须将如来语，传示末法等。是知佛说此经，不独为现在成益，而利及将来，其意犹偏重也。此依一经大义，别示十缘。微细分之，应有无尽。以一音说法，随类各解。故教起因缘竟。
第十、利益今后。意思是理解和修行达到究竟时，法会现场大众已获得甚深利益；而见闻此经结下善根种子，将来仍能成为殊胜因缘。如经文最初标示两种妄见时，如来就说：“我当为你们分别开示，也要让将来一切有漏众生证得菩提果位。”在阐释七大圆融之前，如来又说：“我当为你们分别开示，也要让未来修学大乘者通达实相。”类似这样的话，经文中不止一处。实在因为末法时代业障深重，如来悲念尤为深切。所以文殊菩萨选择圆通法门时说：“堪能教导阿难及末劫沉沦众生。”如来辨识魔事时则说：“你们必须将如来教诲传示末法众生。”由此可知佛陀演说此经，不单是为现在众生成就利益，更偏重利益将来众生。以上是依据整部经的要义，分别说明十个因缘。若细微分析，应有无量无尽。因为佛陀以一种音声说法，众生随各自根机都能理解。教起因缘竟。