次释莲华，具如玄章。今为抑毁法华之人，明此经辨因不足，明果犹无常，略引诚言，验此通为谬。莲华得生，凡有二义：一者、假缘；二、有种子。众生成佛，亦具两义：一者、缘因佛性；二、本有佛性。所言缘因佛性者，即是菩提心，由菩提心，方得成佛。是故经云：诸佛两足尊，知法常无性，佛种从缘起，是故说一乘。二、本有种子，即是本有佛性，方得成佛。虽发菩提心，若本无佛性，不得成佛。故经云：是法住法位，世间相常住，于道场知已，导师方便说。即是本有常住佛性也。故知此经具明缘、正两佛性，本、始二有，则明因具足，果非无常。更释法华论释莲华二：一、出泥水；二、开敷微妙。出水二义：一、出二乘泥水，令离二乘心；二、出二乘泥水，即是发菩提心。如诸菩萨出二乘心，菩提心现前，名为坐莲华座也。诸声闻因菩萨出二乘心，即是坐莲华座。然法华实无不有莲华座、菩萨座也。开义可知。又莲华有出水、不出水，真如有垢、无垢。无垢真如如出水，有垢真如名不出水。又有垢真如有不染而染、染而不染，如莲华在泥亦有染、不染也。又斯教一乘之理，四十余年在三乘泥水之下，而不为三乘泥水所染。问：他亦云莲华不有而已，有则华实俱含；此经不说而已，说则因果俱辨，与今何异？答：今明唯有一理、唯教一人，唯有一理是果、唯教一人是因，不异前分明因、后分辨果为异也。次喻理、教义者，教如华、理如莲，莲约一如理，一华喻教，教本表理，理一故教亦一，说无量义皆为显一理，故一切教皆是法华也。
接着解释莲花的意义，具体内容在《玄章》中已有详述。现在为了批评那些毁谤《法华经》的人，指出他们认为此经未能阐明完整的修行因位，所证果位仍属无常的观点，这里略引经文证明这种理解是错误的。莲花生长需具备两个条件：一是外在因缘；二是内在种子。众生成佛同样需要两方面：一是缘因佛性；二是本有佛性。所谓缘因佛性，就是发菩提心，依靠这个菩提心才能成就佛道。所以经中说：“诸佛两足尊，知法常无性，佛种从缘起，是故说一乘。”二是本有种子，即众生本具的佛性，依此才能成佛。虽然发了菩提心，如果本来没有佛性，终究不能成佛。因此经中说：“是法住法位，世间相常住，于道场知已，导师方便说。”这就是指本有常住的佛性。由此可知，《法华经》完整阐述了缘因与正因两种佛性，本有与始有双重属性，说明修行因位圆满具足，所证果位绝非无常。
再说法华论对莲花的两种解释：一是出离泥水；二是绽放微妙。出离泥水包含两重含义：一是超脱二乘的泥泙，令众生舍弃二乘心；二是出离二乘泥水即意味着发起菩提心。就像诸位菩萨超越二乘心时，菩提心自然显现，这就叫作坐莲花座。声闻众因菩萨引导出离二乘心，也就是安坐莲花座。但《法华经》实际上并无真实的莲花座或菩萨座。莲花绽放的喻义显而易见。
又比如莲花有出水和未出水之分，真如也有染污与清净之别。清净真如如同出水的莲花，染污真如则如未出水的莲花。染污真如既存在不染而染的特性，也有染而不染的深意，正如莲花在淤泥中既有染污相又有清净相。再者，此经所诠一乘真理，虽四十余年来隐没于三乘教法的泥水之下，却始终未被三乘泥水所污染。
有人问：其他经论也说莲花不现则已，现则花果同时具足；《法华经》不说法则已，说法则因果同时阐明，这与你们的观点有何区别？回答是：此处要说明唯有一乘真理、唯教化一佛乘行者，这唯一的真理是果位，唯一的教化是因行，不同于其他经论先分别因位后辨析果位的阐释方式。
接下来以莲花喻理与教的关系：教法如花，真理如莲。莲花象征唯一真理，一花喻示教法，教法本为显发真理。因真理唯一，故教法亦归一统，所说无量法义皆为彰显一乘真理，所以一切教法归根结底都是《法华经》。