大乘正宗。指示叮嚀。空生意，分明如是，應住降伏其心。
此科昭明太子判此一段經文為大乘正宗分第三。此經以菩提心是大乘中之正宗，盖佛教菩薩六度，令一切眾生滅度，故立此名。指示叮嚀者，言佛重重切囑之義。前分言應如是住，如是降伏，此又言應如是降伏其心，故云叮嚀也。空生意分明者，言須菩提蒙佛叮嚀，其意開廓分明，以大乘菩薩六度圓修，三觀一體，普令含識皆證菩提涅槃也。如是應住者，此科佛告須菩提，諸菩薩摩訶薩應如是降伏其心。此中不言安住，單言降伏者，既是降伏妄心，必然安住大乘，即是真心者也。
四生六道，無我無人，誰歸滅度，拈來却在心。
此科經中所有一切眾生之類也。四生者，即胎、卵、濕、化也。六道者，即天、人、阿修羅、地獄、鬼、畜生也。無我無人者，此科如是滅度無量無邊眾生，實無眾生得滅度者。何以故？須菩提！若菩薩有我相、人相、眾生相、壽者相，即非菩薩。科主意云：既四生六道無我人等四相，即是不顛倒心，誰歸滅度？了生佛一如，即是常心，故云拈來却在心，即第一義心也。故慈氏頌云廣大第一常，其心不顛倒是也。
獨坐寂寥寥。 平地起波濤。 風來波浪起。
水漲見船高
前二句言，大乘正宗所顯涅槃妙心，生佛具足本無滅度，故世尊前來收衣宴坐，故云獨坐寂寥寥也。平地起波濤者，因善現啟請，世尊應機而詶云：菩薩應如是降伏其心，所有一切眾生之類，我皆令入無餘涅槃。即是平地起波濤也。風來波浪起者，科家意云：波浪因風而起，此大乘正宗涅槃妙心，因問而有說也，故云水漲見船高也。
○大乘正宗分第三。
【經】佛告須菩提：諸菩薩(至)眾生相、壽者相即非菩薩。
註曰：此言大乘正宗者，以九類生悉入涅槃，故為此經之宗也。佛於此招告當機菩薩，如是降伏其心者，言降伏見思二惑塵沙煩惱之妄心也。所有一切眾生之類者，一切者，是總標也。眾生者，是別列九類眾生也。凡有生者，皆謂之眾生。上至諸天，下自蠢動，不免乎有生，故云一切眾生也。眾生雖無數無邊，不過九種，下文所言是也。若卵生者，如大而金翅鳥，細而蟣虱是也。若胎生者，如大而獅象，中而人者，小而猫鼠是也。若濕生者，如魚鼈黿鼉，以至水中極細虫是也。若化生者，經云：如上而天人，下而地獄，中而人間，米麥果實等所生之虫皆是也。上四者，謂欲界眾生也。若有色者，色謂色身，謂初禪天至四禪天。諸天人但有色身，而無男女之形，已絕情欲矣。此之謂色界也。若無色者，謂無色界諸天人也。此在四禪天之上，唯有靈識，而無色身，故名無色界也。若有想者，此謂有想天諸天人也。以天人唯有想念，不復有色身故也。自此以上，皆謂之無色界也。若無想者，此謂無想天諸天人也。在有想天之上，此天人一念寂然不動，故名無想天也。若非有想，若非無想者，此謂非想非非想天諸天人也。此天又在無想天之上，其天人一念寂然不動，故云非有想。然不似木石，而不能有想，故云非無想。此天於三界諸天為極高，其壽為極長，不止八萬劫而已。我皆令入涅槃者，我者，佛自謂也。如來指示三界九地眾生，各有涅槃妙心，令自悟入無餘涅槃。而滅度者，言滅盡習氣，度生死海，同證圓滿清淨涅槃也。如是滅度，乃至實無眾生得滅度者，言九類生，雖業果不同，無非自業緣而生，故實無此眾生也。此菩薩發心化之，而得涅槃，實無一眾生入涅槃者，以本無眾生故也。言第一義中，無生可度，即真常心也。若見可度，即生滅心也。良由一切眾生，本來是佛，何生可度，可謂平等真法界佛，不度眾生也。何以故者，明上實無眾生得滅度者所以也。若菩薩有我相等者，是佛招告當機，如菩薩心存四相，未能直下頓空，即非菩薩，以有能所故，同於眾生者哉。
涅槃清淨，盡令含識歸依；四相俱忘，實無眾生滅度。如斯了悟，便能脫死超生；其或未然，依舊迷封滯殻。會麼？
涅槃者，即圓滿清淨真常湛寂之理也。佛令菩薩應如是降伏其心，運以慈力，令一切九類含識之眾生，悉令歸向涅槃，故云我皆令入涅槃也。四相者，即我、人、眾生、壽者，即四顛倒也。今以大乘離四相四顛倒，故云四相俱忘也。四相既無，無生可度，無佛可成，何滅度之有哉？可謂隨順眾緣無罣礙，涅槃生死等虗花也。如斯了悟者，科家意云：行人如此了悟我人等四相，無涅槃滅度之執，豁然大悟，便能超出二種生死，證大涅槃也。其或未然者，其或於此四相不能了達，依舊被無明之所封蔀，生死胎殻之所纏縛也。會麼者，審察也。如上所言，會麼不會也。
生死涅槃本平等， 妄心盡處即菩提
此二句是伸答上義也。果能會得真常之道，生死涅槃元無異體，菩提妄想悉是假名，可謂癡愛成解脫真源，貪嗔運菩提大用，妄想興而涅槃現，塵勞起而佛道成也。
頂門具眼辨來端， 眾類何曾入涅槃。
絕後再甦無一物， 了知生死不相干。
此四句頌經中之義也。頂門具眼者，言佛具爍迦羅金剛正眼，能照一切諸法皆悉空寂，以空寂故諸法平等，能辨善現來例端由。世尊付囑諸菩薩護念，諸菩薩應如是住如是降伏，此是辨來端之義也。眾類何曾者，世尊又於此理上指出一條活路，云菩薩應如是降伏所有一切眾生令入涅槃，又云實無眾生得滅度者，故云眾類何曾入涅槃。絕後再甦者，此明實無眾生得滅度者，謂之絕後再甦。無有一物無涅槃可入、無生死可出，方是了知生死不相干之地，可謂撒手到家人不識，更無一物献尊堂也。
七重寶樹人人有， 九品蓮花處處開。
不涉一程親見佛， 圓音時聽悟心懷。
此四句言唯心淨土，本性彌陀也。七重寶樹，九品蓮花者，即極樂世界之境也。人人有，處處開，乃直指蓮邦而不遠，只在當人也。不涉一程者，此明自性彌陀不離方寸，唯心淨土豈向外求也。圓音時聽者，不但只是見佛，又能時時聽法，可謂松風澗水琅琅語，盡是潮音與梵音，此無情說法之義也。
擲却閻浮似草鞋， 更無一物可開懷。
靈明一點輝千古， 超日月光歸去來。
此四句頌歎世勸人也。閻浮草鞋者，言眾生貪著五欲等種種之樂，如一隻破草鞋相似，最為鄙賤，五欲之中無有一物可作開懷為樂之法也。靈明一點者，此這一點靈明，輝天鑑地，耀古騰今，全超威音之前，獨步劫空之後，可作開懷之法，明超日月之光，故云超日月光歸去來者也。