初標部類品會
此經按《西域記》說有三部：上部有十三千大千世界微塵數偈，一四天下微塵數品；中部有四十九萬八千八百偈，一千二百品；下本有十萬偈，四十八品。龍樹菩薩入龍宮，見上、中二部非凡夫心力能持，遂記下本，流通人間。今傳來此方者，八十卷，三十九品。以經來未盡，故所行者為略本耳。然此經乃我盧舍那佛初成正覺，於菩提場稱性所演，一時頓說，周徧法界。故部類之多寡，第隨見、聞有異。今說此經之處有七，其會有九，其品有三十九。所詮之義，統四法界，攝五周六位因果。清涼疏以信、解、行、證四分科釋全經七處，九會，三十九品者。
初會菩提場，普賢菩薩說毗盧遮那如來依正因果法門，自第一卷至十一卷，共六品經。六品者：
(〈世主妙嚴品〉，〈 如來現相品〉，〈 普賢三昧品〉，〈 世界成就品〉，〈 華藏世界品〉，〈 毗盧遮那品〉)。
二會普光明殿文殊師利菩薩說十信等法門，自十二卷至十五卷，共六品經。六品者：
(〈如來名號品〉，〈 四聖諦品〉，〈 光明覺品〉，〈 菩薩問明品〉，〈 淨行品〉，〈 賢首品〉)。
三會忉利天宮法慧菩薩說十住等法門，自十六卷至十八卷，共六品經。六品者：
(〈昇須彌山頂品〉，〈 須彌山頂偈讚品〉，〈 十住品〉，〈 梵行品〉，〈 初發心功德品〉，〈 明法品〉)。
四會夜摩天宮功德林菩薩說十行等法門，自十九卷至二十一卷，共四品經。四品者：
(〈昇夜摩天宮品〉，〈 夜摩天宮偈讚品〉，〈 十行品〉，〈 十無盡藏品〉)。
五會兜率天宮金剛幢菩薩說十迴向等法門，自二十二卷至三十三卷共三品。經三品者：
(〈昇兜率天宮品〉，〈 兜率天宮偈讚品〉，〈 十迴向品〉)。
六會他化自在天宮金剛藏菩薩說十地法門，自三十四卷至三十九卷共一品，經一品者(即〈十地品〉)。
七、重會普光明殿，毗盧遮那如來說阿僧祇數量法門，及如來隨好光明功德，及普賢等諸菩薩說十大三昧等等覺法門，從四十卷至五十二卷，共十一品。經十一品者：
(〈普賢說十定品〉，〈 十通品〉，〈 十忍品〉，〈 佛說阿僧祇品〉，〈 心王菩薩說如來壽量品〉，〈 諸菩薩住處品〉，上明差別因。〈 青蓮華藏菩薩說佛不思議法品〉，〈普賢說十身相海品〉，〈 佛說如來隨好光明功德品〉，上明差別果。〈 普賢菩薩說普賢行品〉， 明平等因。〈 說如來出現品〉， 明平等果。 上自二會來，至此一遍，明六位因果。)
八、三會普光明殿，普賢菩薩說離世間法門，自五十三卷至五十九卷，共一品經。一品者：
(即〈離世間品〉，此二遍明六位因果。)
九會逝多林，有本末二會：初毗盧遮那如來放光現相，答諸菩薩念請為本會；次文殊師利菩薩從善住樓閣出，往人間開悟六千比丘，及指善財參五十三善知識為末會。通為〈入法界品〉，自六十卷至八十卷共一品。經一品者：
(即〈入法界品〉，此三遍明六位因果。)
八十卷經，通分五周四分者：
一、所信因果周者，即舉果勸樂生信分。謂第一會菩提場，說毗盧遮那依正果報法門，自〈世主妙嚴品〉至〈毗盧遮那品〉六品經，蓋舉揚如來依正二報難思之果，勸勵大心眾生，令生樂欲，以起淨信。前五品顯舍那依正果德，後一品明佛本因，故名所信因果周，亦名舉果勸樂生信分。
二、差別因果周者，亦名修因契果生解分。自第二會普光明殿起，說〈十信〉、〈十住〉、〈十行〉、〈十迴向〉、〈十地〉，及重會普光明殿說〈十定〉，至〈諸菩薩住處品〉，共二十六品，經明差別因圓。後〈佛不思議法品〉、〈如來十身相海品〉、〈如來隨好光明功德品〉，共三品經，明差別果滿。其〈十定〉以下六品明等覺，後三品明妙覺。
三、平等因果周者，即於前會說〈普賢行品〉、〈如來出現品〉二品經，明平等因果。前〈普賢行〉明因該果海，次〈如來出現〉明果徹因源，因果不二故名平等。連上差別二周，通名修因契果生解分。
四、成行因果周者，亦名託法進修成行分。謂八會、三會普光明殿說離世間法，即成行因果周。以普慧雲興二百問，普賢瓶瀉二千酬，通明六位因果。自五十三卷至五十九卷，共一品經。初通明五位之因，後明八相之果。五位因者，即住、行、向、地、等覺。八相果者，即降兜率、托胎、降生、出家、降魔、成道、說法、入涅槃。此託圓融法界，進修成行，位位交羅，一位具足一切位故。沒其位名，但明圓融之行，故名託法進修。
五、證入因果周者，亦名依人證入成德分。謂第九會逝多林說入法界法門，以諸菩薩念請，有三十問，具問如來果海中事。以果海離言，故如來但現相以答。復放光攝受，光中具見所問之事，令其現證，是為本會。次文殊師利從善住樓閣出，漸往人間大塔廟前，令六千比丘頓證。次指善財童子南詢參五十三知識，通名末會。及善財末後見普賢菩薩，入普賢一毛孔中，頓圓曠劫之果。故前三十八品，但該羅六位因果，令生信發解，依之起行造修，至此方為證入，故云依人證入成德分。若無實證，則前解行俱為虗設，故以證終。
然上一部八十卷經，分為三十九品。以此多品，攝入五周四分。此但分章以斷釋經文。其文所詮之義，有四法界。古德釋經，以六相、十重玄門，以收全部之義。四法界者，一理法界，二事法界，三理事無礙法界，四事事無礙法界。六相者，謂總、別、同、異、成、壞。由此六相同時，方成十重玄門，以顯事事無礙。十玄門者，一同時具足相應門(如海一滴，具百川味)，二廣狹自在無礙門(一尺之鏡，現千重影)，三一多相容不同門(一室千燈，光光涉入)，四諸法相即自在門(如金與色，二不相離)，五祕密隱顯俱成門(片月澄空，晦明相暎)，六微細相容安立門(如琉璃瓶，盛多芥子)，七因陀羅網境界門(十鏡互照，影現重重)，八託事顯法生解門(立像豎臂，觸目皆道)，九十世隔法異成門(一夕之夢，翱翔百年)，十主伴圓融具德門(北辰所居，眾星皆拱)。由此六相十玄，同時具足，故成事事無礙法界。故經中凡舉一事一行一法，必該此六相十玄之義，以彰圓融法界。然此廣大無邊理趣，統以法界觀門收之。攝歸一心，念念具足，方順此宗，逈超諸教。故此圓融妙行，日劫相倍，具如法界觀門。
右上所列，乃全經大旨。凡誦此經者，必先了其章段，精熟理觀，則臨文念念證入無邊法界。
由經文浩瀚，攝義無邊，故釋經者以五周四分科斷，使義有所歸，觀者臨文，自然契會，此科文之大綱也。若其理趣，就于各品，自有指歸。