九十八使初门第十
见谛门八十八使 欲界有三十二使 色界有二十八使 无色界二十八使
见谛烦恼共有八十八种：欲界中有三十二种烦恼，色界中有二十八种烦恼，无色界中也有二十八种烦恼。
思惟门十使 欲界有四使 色界有三使无色界有三使
思惟烦恼中的十种根本烦恼：欲界有四种烦恼，色界有三种烦恼，无色界有三种烦恼。
次十使而辨九十八使者。正为见思两道惑障不同。欲使修观之者。精识所治之惑。断伏无滥。故教门历三界五行。细分别十使。则有九十八也。亦名九十八烦恼。通名为使。名烦恼者。类如前释。若离九十八使。则出一切烦恼。今依数人明九十八使也。若成实论人。所解则异也。
接着十个根本烦恼来解说九十八种随烦恼，正是因为见解和思虑这两类烦恼障蔽有所不同。为了让修行观照的人能够精确辨识所要对治的烦恼，在断除和降伏时不致混淆，所以教法体系按照三界（欲界、色界、无色界）和五类修行阶位，将十种根本烦恼细致划分为九十八种。这些也称为九十八种烦恼，统称为"随烦恼"。所谓烦恼，其类别如前所述。若能超越这九十八种随烦恼，就能出离一切烦恼缠缚。这里依据说一切有部的观点来说明九十八种随烦恼。若是依《成实论》的见解，对此则有不同的解释。
见谛惑欲界三十二使 苦谛下具有十使。集谛下有七使。除身见边见戒取。灭谛下有七使。亦除身见边见戒取。道谛下有八使。但除身见边见。故欲界四行下。合有三十二使。
见谛惑欲界三十二使：苦谛下具备十种烦恼执着，集谛下有七种烦恼执着（除去身见、边见、戒取见），灭谛下有七种烦恼执着（同样除去身见、边见、戒取见），道谛下有八种烦恼执着（仅除去身见、边见）。因此欲界四谛修行中，总共有三十二种烦恼执着。
见谛惑色界二十八使 苦谛下有九使除瞋。集谛下有六使除瞋。及除身见边见戒取。灭谛下有六使。亦除瞋及身见边见戒取。道谛下有七使。亦除瞋使及身见边见。故色界四行下。合有二十八使也。
在色界修行时，需要认清的烦恼有二十八种： 苦谛之下有九种烦恼，但要去除嗔恚； 集谛之下有六种烦恼，需去除嗔恚、身见、边见和戒取见； 灭谛之下有六种烦恼，也要去除嗔恚、身见、边见和戒取见； 道谛之下有七种烦恼，需去除嗔恚、身见和边见。 因此，色界四类修行过程中，总共有二十八种烦恼。
见谛惑无色界二十八使 苦谛下有九使。集谛下有六使。灭谛下有六使。道谛下有七使。若取若除。皆如色界中分别。故无色界四行下。合二十八使。合三界四谛下。有八十八使。并是能障见谛之惑。为须陀洹见道之所断也。分别使相略说。并如前十使章门辨也。
在无色界阻碍见道的烦恼有二十八种：苦谛下有九种烦恼，集谛下有六种烦恼，灭谛下有六种烦恼，道谛下有七种烦恼。无论是执着还是断除，都与色界的情况相同分析。所以无色界四谛之下，合计二十八种烦恼。三界四谛之下合计，共有八十八种烦恼。这些都是能障碍见道的迷惑，需要初果圣者在见道时断除。关于这些烦恼类别的简要分析，都如同前面"十种烦恼"章节中所说明的那样。
思惟惑欲界四使 一贪使。二瞋使。三痴使。四慢使。
思想上的烦恼在欲界有四种根本困扰：一是贪欲的困扰，二是嗔恨的困扰，三是愚痴的困扰，四是傲慢的困扰。
此使从斯陀含向。入修道断。乃至阿那含果。九品方尽。
从这一阶段开始修行，逐步断除烦恼，直至证得阿那含果位，将九品烦恼完全除尽。
思惟惑色界三使 一贪使。二痴使。三慢使。
色界思惑三种烦恼：一是贪欲烦恼，二是愚痴烦恼，三是傲慢烦恼。
此三使并是阿罗汉向。用修道智断也。
这三类烦恼都是趋向阿罗汉果位的修行者，以修证真理的智慧来断除的。
思惟惑无色界三使 一贪使。二痴使。三慢使。
无色界有三种烦恼障蔽： 第一是贪欲的障蔽， 第二是愚痴的障蔽， 第三是傲慢的障蔽。
故三界思惟惑合有十使。足前见谛。合为九十八使。但此三使亦是阿罗汉向断。至果方尽也。
所以三界中的思惑总共有十种烦恼，加上前面见惑的八十八种，总共是九十八种烦恼。不过这三种思惑，修行者在趋向阿罗汉的阶段就开始断除，要到证得阿罗汉果位时才能彻底断尽。
次此應廣出諸煩惱科目。所謂三漏。四流。四縛。八邪。八倒。九結。九惱。十纏。乃至五百煩惱。八萬四千諸塵勞門。及恒沙等數煩惱。皆從見愛九十八使。離合而辨。若具出科目(云云)。今略出數科。足以顯教門明煩惱離合惑障潤生之法。諸煩惱科目。至第六卷中。別當更隨要而出。
接下来应当详细列举各种烦恼的分类。所谓三漏、四流、四缚、八邪、八倒、九结、九恼、十缠，乃至五百烦恼、八万四千尘劳门，以及恒河沙数般的烦恼，都是从见解与贪爱产生的九十八种烦恼根源，通过分合不同而形成。(具体分类详见相关注释)。现在简要列出几类，已足够通过教法阐明烦恼的分合规律、迷惑障碍及滋养轮回的原理。关于烦恼分类的详细内容，将在第六卷中根据需要另行阐述。