第三、明宗者。宗是修行之要领，会体之玄枢。水性至冷，饮者方知；妙体离言，非修不契。修分正助，正乃名宗。如纲之总挈网目，如梁之任持瓦椽。故显体之后，急须明宗。此经以唯心直进、自觉圣智为宗。唯心直进名为真因，自觉圣智名为正果。盖自心现量第一义境界，心、佛、众生三无差别，迷时不减，悟时不增。体非因果，而悟此境界以为真因，乃名唯心直进；证此境界以为极果，乃名自觉圣智。是故经云：观察无始虗伪过，妄想习气因三有。此明破我法二执，以唯心识观为方便道也。又云：思惟无所有，佛地无生。此明全以果觉理体而为所观，所谓不生不灭为本修行，因该果海真如实观为真修道也。又云：到自觉圣趣，自心自在。此明与佛同体也。又云：到无开发行，如随众色摩尼，随入众生微细之心，而以化身随心量度。此明与佛同用也。又云：诸地渐次，相续建立。此明无位次中假立位次，如虗空丈尺、入海浅深、终始地位，中间永无诸委曲相也。又云：前圣所知，转相传授，妄想无性。菩萨摩诃萨独一静处，自觉观察，不由于他，离见妄想，上上升进，入如来地，是名自觉圣智相。此即显示唯心直进，从因趣果之正宗也。初祖谓二祖云：吾观震旦所有经教，唯楞伽四卷可以印心。此之谓也。第三、明宗竟。
第三、说明宗旨。宗旨是修行的关键，领悟本体的核心枢纽。水的性质极其寒冷，只有喝过的人才知道；玄妙的体性超越言语，不通过修行就无法契合。修行分为正修和助修，正修才是宗旨所在。就像纲领能提挈整个网眼，就像房梁能承载瓦片椽子。所以在阐明本体之后，必须立刻说明宗旨。这部经以“唯心直进”、“自觉圣智”为宗旨。“唯心直进”称为真实的因行，“自觉圣智”称为正确的果德。因为自心所现的第一义境界，心、佛、众生三者没有差别，迷惑时它不减少，觉悟时它不增加。本体本身不属于因果，但觉悟这个境界并将其作为真实的因行，就叫做“唯心直进”；证得这个境界并将其作为终极的果德，就叫做“自觉圣智”。所以经中说：观察无始以来的虚伪过失，妄想习气是形成三界的原因。这是说明破除对自我和事物的两种执着，以唯心识观作为方便法门。又说：思惟一切本无所有，佛地本是无生。这是说明完全以佛果觉悟的理体作为观想的对象，所谓以不生不灭为根本进行修行，因行涵盖果海的真如实观才是真正的修道。又说：到达自觉圣智的境界，自心得大自在。这是说明与佛同具一体。又说：到达无功用行的境地，就像随众色变化的摩尼宝珠，能随顺进入众生微细的心中，而以化身随顺众生的心量进行度化。这是说明与佛同具妙用。又说：诸地循序渐进，相续建立。这是说明在无位次之中假立位次，好比丈量虚空的尺度、测量入海的深浅、从初地到佛地的阶位，中间永远没有各种曲折迁曲之相。又说：这是过去圣者所了知的，辗转互相传授，了知妄想本无自性。菩萨大菩萨独自在寂静处，自觉观察，不依靠他人，远离各种见解妄想，步步向上增进，进入如来境地，这就叫做自觉圣智相。这就是显示“唯心直进”，从因行趣向果德的真正宗旨。初祖达摩对二祖慧可说：我看震旦（中国）所有的经典教法，只有《楞伽经》四卷可以印心。说的就是这个道理。第三、说明宗旨完毕。