下第二卷
问曰：显理中示寂灭一心已归究竟，然目如来藏并上一心总为显理，且大慧又目外衟我见为问，似与一心之旨不同，何以总为一科？
问：在说明真理的部分，已经揭示了寂灭一心的究竟归宿。然而如来藏和前面所说的一心都是为了阐明真理，而且大慧菩萨又特别提出外道的自我执着作为问题，这似乎与一心的宗旨有所不同，为什么把这些都归为同一类呢？
答曰：此有深旨。目经初夜叉王问佛：云何应舍有无？佛既答已，随即示云：寂灭者名为一心，一心者名如来藏。此则总标一经宗本，要显寂灭一心不属迷悟究竟不生。然所目有圣凡生起者，皆如来藏随染净缘转变为生因耳。然前百八义，一切皆非目显一心寂灭无生之旨矣。次大慧随问诸识有几种生住灭，虽问识之生灭，然尚未审识生之因，且于一心究竟处建立。诽谤章中云：非有因建立因，直说初识前无因。如此一心，岂不堕于毕竟断灭耶？故此大慧随问如来藏者，目前虽明一心之旨，尚未明如来藏之义。方今将显如来藏随缘为染净生法之因，要明识藏即如来藏。故后文如来藏为善不善因，目如来藏即前三种识中之真识也。目此经不说无明为因生八识，直指如来藏即藏识，要显妄即是真实，斯经之宗本也，不同诸教。然大慧疑世尊说如来藏同外道我者，正是佛说阿陀那识甚微细，习气种子成瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我。目外衟向执藏识为神我，故今将目如来藏真我目破彼计，是则外衟计有无二见，则前目寂灭一心破之矣。向执我见未亡，故特目如来藏真我破之，目尽破彼计，圆满一心。故总科为显理究竟，义旨深潜，诚非麤浮可见也。细寻佛意，微玅难知，总示正行章破本无四句可离，颂中如是观三有，究竟得解脱未？后结云：为净烦恼尔，𦦨二种障故，譬如商主次第建立百八句无所有。足证前百八句乃依三界作四句妄计而立，然无所有则皆非也。
回答说：这其中有深刻的用意。回顾经文开头夜叉王问佛：应当如何舍弃有和无的分别？佛陀回答之后，随即开示说：所谓寂灭就是一心，这一心就是如来藏。这里总括点明了整部经的根本宗旨，旨在显示寂灭的一心不属于迷悟的范畴，终究不生不灭。然而经文中所列举的圣凡生起现象，都是如来藏随着染污或清净的因缘转变而显现为生起的根源。前面提出的一百零八个问题，之所以都予以否定，正是为了彰显一心寂灭无生的宗旨。
接着大慧菩萨随即询问各种识有几种生住灭，虽然问的是识的生灭现象，但尚未探究识产生的根源，而且是在一心究竟的层面上建立的。在诽谤章中提到：并非有真实原因而建立假名之因，直接指出最初之识前并无实因。这样的"一心"说法，难道不会落入彻底断灭的见解吗？因此大慧在此追问如来藏的意义，虽然前面已经说明一心的宗旨，但尚未阐明如来藏的含义。现在正要显示如来藏随缘而成为染净诸法生起的根源，需要明白识藏就是如来藏。所以后文说如来藏是善与不善的因，这里说的如来藏就是前面三种识中的真识。本经不说是无明为因生起八识，而是直指如来藏就是藏识，旨在显示妄念本身就是真实，这是本经的根本宗旨，与其他教法不同。
大慧怀疑世尊说如来藏类似外道的神我执，这正应了佛说"阿陀那识甚微细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我"的深意。因为外道一向执着藏识为神我，所以现在用如来藏的真我来破除他们的执着。外道执着有无二见，前面已用寂灭一心破除了；他们执着我的见解还未消除，所以特别用如来藏的真我来破除，以此彻底破除他们的执着，圆满显示一心。因此总科判为显示究竟真理，义理旨趣深奥隐微，确实不是肤浅的认识所能领会。
仔细推究佛的深意，微妙难知。总示正行章中破除根本无四句可离，偈颂中说"如是观察三界，究竟能否得解脱？"最后总结说：为了净化烦恼，烧尽二种障碍，就像商主依次建立一百零八个问题而实则无所有。这足以证明前面一百零八个问题都是针对三界众生的四种妄执而设立，然而究其实质都是无所有的。
问曰：当转二性教中，一向说转生死为涅槃、转烦恼成菩提。此中但说转二自性者，何耶？
问：在教导转化二元性质的法门中，一向说要把生死转化为涅槃、把烦恼转化为觉悟。这里为什么只说要转化两种自性呢？
答曰：此经不同三乘别教，直指一心，不属迷悟。目生死涅槃，本来平等，更无可转。但以外道不了言说性空，妄计言说有实自性，起种种徧计。二乘不了诸法缘生无性，妄执诸法有实自性。以此二种，障正知见。意谓若了言说性空，则徧计情亡。若了缘生无性，则依他泯性。二计既亡，则圆成自显。所目但转二自性计着也。后广辩四行禅，葢依此而立也。
答曰：这部经不同于针对三乘的分别教法，它直接指向我们的本心，不归属于迷惑或觉悟的范畴。看待生死与涅槃，本质上是平等无别的，并没有什么需要转变的。只是因为外道不明白言语说法的本质是空，错误地认为言语有真实不变的本性，从而生起种种周遍的计度执着。声闻、缘觉二乘的修行人，不明白一切事物都是因缘和合而生，没有独立不变的自性，错误地执着诸法有真实的体性。因为这两种错误的认知，障碍了正确的知见。意思是说，如果明白了言语说法的本性是空，那么周遍计度的妄情自然就会消亡。如果明白了缘起所生之法没有独立自性，那么依他而起的假相也就泯灭了其看似实在的性质。这两种错误的计度执着既然消除了，那么圆满成就的真实性自然就会显现。所以，这部经主要就是教人转变对两种自性的执着。后面广泛辨析
略示邪因果相章末，示感应二征结。示果相至究竟地得灌顶位二加持者，此正示目真因所得之果，如此方为真修也。
在简要说明邪因邪果的章节末尾，佛陀开示了感应与征兆这两种验证。讲到证果境界达到究竟地时获得灌顶位与两种加持——这正是显示真实修行所证得的果报，如此方称得上真正的修行。
问曰：四种禅皆依惑乱为所观者，何耶？
问：四种禅修都以迷惑错乱作为观修对象，这是为什么呢？
答曰：目前云惑乱，起圣种性及愚夫种性，故愚夫乃外道二乘，其禅皆惑乱也。观察禅二种目：能观正智观，所观惑乱目。对待未泯，故为渐次。其攀缘如禅，然攀缘即惑乱也，乃名相妄想耳。观名相妄想本如，故名攀缘如禅。此二种禅，目分顿渐，名三乘禅。故观察禅果相，则从解行入初地，渐次上进。其攀缘如禅，则顿登八地，此顿渐之分也。然观察义禅，能观者正智，所观者妄想名相，故真妄双举。此乃对待而观，故要离四句目。外道妄执四大名相，以妄想分别作四句见耳。其攀缘如禅，则直观五阴本自如如，绝诸对待，故为顿悟。于中主意，专破外道计四大，造五阴，目神我为主谛。若观四大本空，五阴无我，即此五阴本自如如矣。
回答说：眼前所说的迷惑错乱，产生了圣者的种性和凡夫的种性。所以凡夫就是指外道和二乘行人，他们的禅修都属于迷惑错乱。
观察禅有两种名目：能观的是正智在观照，所观的是迷惑错乱的现象。因为相对的观念还没有消除，所以属于渐修法门。那个攀缘真如的禅法，其实攀缘本身就是迷惑错乱，只是名相和妄想罢了。观照名相妄想本来如如不动，所以叫做攀缘真如禅。这两种禅法，从名目上分为顿悟和渐修，统称为三乘禅法。
因此观察禅的果相，是从理解实践进入初地，然后逐步向上增进。而攀缘真如禅，则能顿时登入八地，这就是顿渐的区别所在。不过观察义理禅，能观的是正智，所观的是妄想名相，所以真妄二者同时并举。这是通过相对待的方式来观照，因此需要远离四句的执著。外道虚妄地执著四大名相，用妄想分别建立四句见解。
至于攀缘真如禅，则是直接观照五蕴本来就如如不动，彻底超越一切相对待的概念，所以是顿悟法门。这其中的主要用意，专门破除外道执著四大能造作五蕴，认为有个神我作为主宰的邪见。如果观照四大本质是空，五蕴没有实我，那么这五蕴本身就是如如不动的真如了。
问曰：示正果中说妄想识灭名为涅槃，不说转藏识单说灭六识者，何也？
有人问：在开示正果时，说到妄想意识熄灭就称为涅槃，为什么只强调灭除六识，却不直接说转藏识呢？
答曰：此经宗旨，说识藏即如来藏，不必更转。其藏性寂灭之体，所目不得显现者，但因妄想攀名相之过也。目藏体本是湛渊之心，犹如湛海。虽云前七波浪，其实只因六识攀缘外境界风，鼓动波浪。即七识亦因六识所起之波浪，其体同是八识精明，故本不生。是故三性之中，依他元自无性，其过在徧计执性耳。然妄想乃徧计执性，正是六识攀缘种种如幻依他境界，增长习气，长养藏识。故今特辨妄想过重，故六识灭则内外心境一切皆寂灭，如来藏性应念现前，所以特说六识灭为涅槃也。此经宗趣与相宗逈不相同，故不立七识所目。世尊随节说妄想分别通相，以显即妄即真，为如来最上一乘禅也。
回答说：这部经的核心思想，是说识藏就是如来藏，不需要另外转化。这个藏性寂灭的本体，之所以不能显现，只是因为妄想攀附名相的过失。要知道藏体本是澄澈深广的心性，犹如宁静的大海。虽然说到前七识像波浪，其实只因第六意识攀缘外境如风，鼓动起波浪。就连第七识也是因第六识所引起的波浪，它们的本体同是第八识的灵明觉性，所以本来没有真实生起。因此在三性之中，依他起性原本就没有自性，问题出在遍计所执性。而妄想正是遍计所执性，就是第六意识攀缘种种如幻的依他起境界，增长习气，滋养藏识。所以这里特别说明妄想的过失严重，只要第六意识息灭，那么内外心境一切都会寂灭，如来藏性当下显现，因此特别强调第六意识的息灭就是涅槃。这部经的宗旨与唯识宗完全不同，所以不建立第七识的名目。世尊随着经文节次开示妄想分别的共同相状，用以显示妄念当下就是真如，这就是如来最上一乘禅法。
经旨来意，从二卷初示正行科中，四方便为能观之智，二种自性指所破之惑，无四句可离，无圣智可得，乃所显圆成之理，及离过绝非。一科四节立定，自后略示邪正因果，及广辨邪正因果，总是广释卷初四节之义。其观察义，禅观察觉，即前能观之智，妄想摄受计着觉，即释前所破之惑，攀缘如禅，即显前圆成之理，末后如来最上一乘禅，即释前离过绝非。细观经旨，前后名应，其理昭然。
经文的宗旨和来意，从第二卷开头指示正行的科段中，四种方便是能观照的智慧，两种自性指的是所要破除的迷惑。没有四句可以脱离，没有圣智可以求得，这才是所要显发的圆满成就之理，以及远离过失、断绝非议。这一科分为四节确立下来，之后简略开示邪正因果，以及广泛辨别邪正因果，都是详细解释卷首四节的义理。其中观察义理禅和观察觉照，就是前面能观照的智慧；妄想执取计著的觉知，就是解释前面所要破除的迷惑；攀缘真如禅，就是显发前面圆满成就之理；最后如来最上一乘禅，就是解释前面远离过失、断绝非议。仔细体会经文的宗旨，前后名称相互呼应，其中的道理清晰明白。