○第二卷
垂手正倒。
舊解：竪手為倒，垂手為正。一說：垂手是倒，以後文如我垂手等無有異為據。然經文雖止是如我垂手四字，意則通該前文。若云如我上來垂手示眾一段因緣，非專指垂手也。請以喻明。頭以下垂為倒，故時時上竪。手既亦以下垂為倒，何不亦時時上竪乎？又一說：手無正倒，一時首尾相換。世人妄見，生正倒想，以後文名字何處號為顛倒為據。此說亦佳，但非經正意。良由下文棄海取漚，認漚為海，本末翻覆，故名顛倒。則知海者喻真，漚者喻妄。妄身在於心內，如一漚至微；真心徧乎身外，如海水至廣。棄真取妄，認妄為真，身心顛倒所在，正在此耳。與觀手者正倒錯亂，何以異哉？或謂：合論亦云垂手是倒。曰：合論何可盡從也？如前七徵中，文外不相知。古人謂不字當是又字，其理甚正。合論云當是不字，而文義畢竟不通。下文辨見展轉五重，合論非之，亦不當理。
晦昧為空(云云)，趍外奔逸。
長水以晦昧為空，至結暗為色，配三細。次聚緣內搖，配前二粗。次趍外奔逸，配後二粗。為煩惱道畢，有非之者。然此配合三細，多說不同。今長水所配，下文因明立所等處，陰入界大等處，迷妄有虗空等處，皆如是說。前後經文，語意符合。蓋渠從清淨本然，忽生山河大地中悟入，故認取如是。而孤山以文殊覺海性澄圓偈文，與此相對，而釋意頗合。亦顯長水非無據而云然。前後文義，互為照應，未可非也。又愚意三細六粗，本出起信。而將論合經，不必拘拘逐句逐字的配，但取大意可也。良由佛為法王，於法自在。或隨時增減開合，辭不必同，而理實無二。太拘則反成齟齬。況本論中，三細六粗，共成九相。既而明血脉，則又成八。既而原染起，則又成六。開合增減，彼論自不拘死法。引之者，獨可拘死法乎？
一迷為心。
一迷為心者，明此不是心，迷惑無知，錯認此虗妄以為我心也，則知我自有真心也。何者？上文晦昧為空，空結暗而為色，色雜想而為身，內搖外趍，昏昏擾擾，即於此時認為己心。自此一迷為心，便生執著，決定惑為心，在此身方寸之中，牢不可破，寧復知此心廣大圓滿，含褁虗空，周徧法界乎？顛倒如是，故名為可憐憫者。有人謂此處是一迷為心，下文某處文是二迷為心，又至某處文是三迷為心，其說甚謬。
此見雖非，妙精明心，如第二月。
第二月者，非真月也，何故不還？蓋第二雖非真月，然真月外更無二月，此第二月即從真起，明眼人固直下見真月矣。見精雖非真，見全體即真，亦復如是。
若不見吾不見之地，自然非物，云何非汝？
長水展轉五重，合論直說本意。要其歸結，總是見既非物，云何非汝真性耳？二說一意，何必相非？
若實我心令我今見，見性實我而身非我，何殊如來先所難言物能見我？
此即重躡上文而斷之也。溫陵所解極明，言既此在前之見實是我心而能見物，則彼見乃我而此身非我，見在物而不在我，是物來見我而非我去見物矣，有是理乎？
指非指。
或謂指非指是莊子語，非也。何不看文中連有十處指字，一云非無指示，二云舉手指陳，三云確實指陳，四云指陳示我，五云舉手所指，六云指皆是物，七云則汝所指，八云受汝所指，九云應有所指，然後十云出指非指。蓋佛令阿難指點何者是見，何者非見，故曰出指非指。可指者是物非見，不可指者是見非物，出者是非雙泯也。問：莊子不可用乎肯綮，亦莊子語也。答：用固無害，但此指不是莊子一馬一指之意，何可扭摼強合？其肯綮等自非此例，故用無害。蓋經本梵語，譯為華言，不用此間文字，則終成梵語矣，何名為譯？有闡提人言佛經剽獵老莊，果爾，則譯佛以覺伊尹，早已曰予天民之先覺矣，譯修多羅以經易詩書等，早已名經矣，則覺字經字亦是剽獵儒典乎？其說不通，無俟多辨。
諸外道種，說有真我，徧滿十方，有何差別？
此疑佛說見性周徧十方，外道亦說我徧十方，差別安在？下文惟廣說因緣自然，不剖此疑者，何也？蓋外道所計，不出斷常二見，今說緣因自然兩非，則斷見常見雙破，而又非和合生，非不和合，則情窮理極，諸計消亡，真我自顯，故云圓滿菩提，不生滅性，清淨本心，本覺常住，是佛之所謂周徧也。豈外道妄見，執有實我徧十方者，可同日而語哉？
見見之時，見非是見，見猶離見，見不能及。
見見古有正解，言能見即今見物之見也，則下之見字成所見矣。見見之時是見也，非尋常見物之見也，故曰見非是見。一說謂豈有真見復見妄見之理？二見字平看，一真見，一妄見，此說似是而非。二見平看，則之時二字無所著落。又下文云：此實見見，云何復名？覺聞知見，如何銷會？試以本經語例之。經云：將聞持佛，佛何不自聞聞？今例云：將見見如來，何不自見見？又經云：不自觀音，以觀觀者。今例云：不自見物，以見見者。如是則其義不辨而自明矣。
別業妄見。同分妄見。
舊解：別者，一人妄見也；同者，多人妄見也。混而不明，隱而不暢，未有發揮者。然溫陵有說云：別業者，起惑之異；同分者，感妄之同。會解失錄，故講者忽焉。但溫陵略出其意而止，今更為詳言之。譬如世人造種種罪，人各殊科，喻之如別；後罹王法，共入一獄，喻之如同。今曰起惑者，隨心而造妄業也，造業別其因由，故名別業；曰感妄者，隨業而受妄報也，受報同其劑限，故名同分。近又一說：別者見根，同者見境。亦異舊說，覽者詳焉。
進退合明。
經云吾今以此二事進退合明，而舊解從此處過經文一百餘字，直至如彼眾生處，方曰進同例別；一病目人處，方曰退別例同。進退雖顯，而隔前大遠，似為不妥。溫陵以法、喻互舉為進退合明，頗覺穩當。但合明則得，進退未恊。近索隱謂且置同分而舉別喻，次以法合；復置別業而舉同喻，次以法合。舉者，進也；置者，退也。兼此二說，其義甚備。
譬如有人(云云)，其人無故，瞪以發勞。
有謂上有人，人字屬菩薩；下其人，人字屬眾生。此說非是，上下即是一人。
取頻伽瓶塞其兩孔，滿中擎空，千里遠行，用餉他國。
溫陵、孤山皆以瓶喻妄身，空喻識陰。淨覺乃添出譬如有人之人喻業，合論非之是也。合論又云：空喻識者，無分別為真空，有分別為識陰也。瓶內之空局，故有分別與外空異也。塞其兩孔，溫陵謂妄分同異，不知何名同異。今謂塞孔者，恐物出瓶外也。而瓶有兩孔，兩孔俱塞者，保護之極其至也。空非出入之物，而慎塞之，喻識本虗幻，而保持虗幻命根，惟恐其失也。千里用餉者，喻多劫飄零，死此生彼也。